지방세의 독립세 전환 전 발생한 지출에 대한 세액공제를 독립세 전환 후 법인지방소득세 계산 시 이월 공제 가능?

종전의 조세심판례는 안된다는 입장이었다.

 

 

조심2018지0383, 2018.08.30 청구법인은 2012ㆍ2013사업연도에 발생한 연구인력개발비에 대해서 2016사업연도 법인지방소득세에서 공제하여야한다고 주장하나, 「지방세법」제103조의22에서 법인지방소득세의 세액공제 등은「지방세특례제한법」에서 정하도록 하였으나, 해당 법령에서는 법인지방소득세에 대한 세액공제 및 감면에 대한 규정이 없는 점 등에 비추어 청구주장을 받아들이기 어려움

 

 

(세액감면에 대해서는) 유권해석도 비슷한 입장이었다.

 

지방세특례제도과-2506, 2019.06.27 답변요지 개정 후 사업연도에 대하여 개정 전 과세표준을 적용하려면 일반적 경과조치 적용기준이 충족되어야 하는 바, 종전 규정을 통하여 장래 과세요건을 갖추는 경우에도 일정기간 내에는 특별히 조세를 감면한다는 내용의 정함이 없었다면, 일반적 경과조치 적용기준을 충족했다고 볼 수 없음 【질의요지】 지방소득세 독립세 전환 전 장래 일정기간 동안 법인세와 지방소득세에 대한 감면결정을 받은 경우, 법 개정으로 과세표준이 변경된 이후(법인세액의 10% → 법인세 과세표준 × 법인지방소득세 표준세율)에도 잔여감면기간에 대해 법인지방소득세 감면이 가능한 지 여부   【회신내용】 ○ 舊「지방세법」은 법인세분 지방소득세의 과세표준을 법인세액으로 정하고 있었으나, 법인지방소득세로 독립세전환 됨에 따라 2014. 1. 1. 법률 제12153호로 개정된 것 이후의 지방세법은 그 과세표준을 법인세 과세표준으로 규정하고 있으며 당해 개정법률 부칙 제15조는 일반적 경과조치 규정으로써 개정법률 시행 당시 종전의 규정에 따라 감면하였거나 감면하여야 할 지방세에 대하여는 종전의 규정에 따른다고 한바,   - 이에 따르면 위 개정이후 사업연도에 대하여 개정 전 과세표준을 적용하여 법인지방소득세를 계산하려면 위 일반적 경과조치의 적용이 가능한 경우라야 한다고 할 것입니다.   ○ 일반적 경과조치 규정과 관련하여 대법원은 2001. 5. 29. 선고 98두13713 판결 이후에는 종전 규정이 장래 과세요건을 갖추는 경우에도 일정한 기간 내에는 특별히 비과세 내지 면제 등을 한다는 내용으로 규정하고 있지 않는 한 조세감면 등에 관한 종전 규정은 적용할 수 없다는 취지로 판시하고 있는바(대법원 2001. 5. 29. 선고 98두13713 판결; 2004. 12. 9. 선고 2003두13076 판결; 2004. 11. 25. 선고 2003두12929 판결; 2013. 9. 12. 선고 2012두12662 판결 등 다수),   - 종전 이 사건 납세자가「조세특례제한법」제121조의2(외국인투자에 대한 조세감면)에 의해 법인세 감면을 받은 결과 그 감면이후의 법인세 결정세액을 과세표준으로 하여 법인세분 지방소득세를 산정할 수 있었다고 하더라도,   - 당해 규정은 그 조문에 의해 법인세 감면을 받던 자가 향후 이 사건 과세표준 변경 등 법인지방소득세와 관련한 과세요건을 충족하더라고 특정기간 간에는 특히 그 지방세감면을 한다는 취지로 정한 바는 없고,   - 舊 「지방세법」(2014. 1. 1. 법률 제12153호로 개정되기 이전의 것) 제89조의 경우에도 법인세분 지방소득세의 세율을 법인세액의 100분의 10이라고 하여 그 과세표준이 법인세액임을 정하고 있었다고 하여도,   - 그 외 당해 종전 규정을 통하여 장래 과세요건을 갖추는 경우에도 일정기간 내에는 특별히 조세를 감면한다는 내용의 정함은 없었던 것으로   - 위 법률개정으로 법인지방소득세 과세표준 체계가 변경된 이후에도 종전의 과세표준을 적용하여 계산하기 위한 일반적 경과조치 적용기준의 충족이 있었다고 보기는 어렵다고 할 것입니다. 다만, 이에 해당하는지 여부는 과세관청에서 구체적인 사실관계 등을 확인하여 판단하여야 할 것입니다.

 

한편 최근 서울행정법원의 판단은 조금 다르다.

 

서울행정법원 2019. 11. 19 선고 2018구합87279 판결 [법인지방소득세경정거부처분취소] 한편, 조세법령이 납세의무자에게 불리하게 개정된 경우에 개정된 법령의 부칙에서 '이 법 시행 당시 종전의 규정에 따라 부과 또는 감면하여야 할 ···세에 대하여는 종전의 예에 의한다'는 취지의 규정을 두고 있다면 이는 납세의무자의 기득권이나 신뢰를 보호하기 위한 것이므로, 여기서 '종전의 규정에 따라 부과 또는 감면하여야 할 조세'에 해당하여 개정 전 법령이 적용되기 위하여는 개정 전 법령의 시행 당시 과세요건이 모두 충족되어 납세의무가 성립하였거나, 비록 과세요건이 모두 충족되지는 않았더라도 납세의무자가 개정 전 법령에 의한 조세 감면 등을 신뢰하여 개정 전 법령의 시행 당시에 과세요건의 충족과 밀접하게 관련된 원인행위로 나아감으로써 일정한 법적 지위를 취득하거나 법률관계를 형성하는 등 그 신뢰를 마땅히 보호하여야 할 정도에 이른 경우여야 하고, 이러한 정도에 이르지 않은 경우에는 개정 전 법령이 아니라 납세의무 성립 당시의 법령이 적용된다고 할 것이다(대법원 2015. 10. 15. 선고 2015두36652 판결 등 참조). (...) 2) 위와 같은 법리에다가 위 인정사실 및 변론 전체의 취지에 비추어 인정되는 아래와 같은 사정을 종합하여 보면, 이 사건 경과규정의 '종전의 규정'에는 구 조세특례제한법 제10조, 제144조 등이 포함되고, 원고의 이 사건 연구비 등에 대한 지출은 지방소득세 법인세분의 과세표준인 법인세액의 공제 등을 신뢰하여 이루어진 것으로, 그와 같은 신뢰는 보호되어야 한다고 봄이 상당하다. 따라서 원고의 주장은 이유 있고, 이와 다른 전제에 선 이 사건 각 처분은 위법하다. (...)