법인전환 개괄

♣ 관련법령

조세특례제한법 제32조 【법인전환에 대한 양도소득세의 이월과세】 ① 거주자가 사업용고정자산을 현물출자하거나 대통령령으로 정하는 사업 양도ㆍ양수의 방법에 따라 법인(대통령령으로 정하는 소비성서비스업을 경영하는 법인은 제외한다)으로 전환하는 경우 그 사업용고정자산에 대해서는 이월과세를 적용받을 수 있다. (2013. 1. 1. 개정) ② 제1항은 새로 설립되는 법인의 자본금이 대통령령으로 정하는 금액 이상인 경우에만 적용한다. (2010. 1. 1. 개정) ③ 제1항을 적용받으려는 거주자는 대통령령으로 정하는 바에 따라 이월과세 적용신청을 하여야 한다. (2010. 1. 1. 개정) ④ 제1항에 따라 설립되는 법인에 대해서는 제31조 제4항부터 제6항까지의 규정을 준용한다. (2010. 1. 1. 개정) ⑤ 제1항에 따라 설립된 법인의 설립등기일부터 5년 이내에 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유가 발생하는 경우에는 제1항을 적용받은 거주자가 사유발생일이 속하는 달의 말일부터 2개월 이내에 제1항에 따른 이월과세액(해당 법인이 이미 납부한 세액을 제외한 금액을 말한다)을 양도소득세로 납부하여야 한다. 이 경우 사업 폐지의 판단기준 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. (2017. 12. 19. 개정) 1. 제1항에 따라 설립된 법인이 제1항을 적용받은 거주자로부터 승계받은 사업을 폐지하는 경우 (2013. 1. 1. 개정) 2. 제1항을 적용받은 거주자가 법인전환으로 취득한 주식 또는 출자지분의 100분의 50 이상을 처분하는 경우 (2013. 1. 1. 개정)

 

조세특례제한법시행령 제29조 【법인전환에 대한 양도소득세의 이월과세】 ① (삭제, 2002. 12. 30.) ② 법 제32조 제1항에서 “대통령령으로 정하는 사업 양도ㆍ양수의 방법”이란 해당 사업을 영위하던 자가 발기인이 되어 제5항에 따른 금액 이상을 출자하여 법인을 설립하고, 그 법인설립일부터 3개월 이내에 해당 법인에게 사업에 관한 모든 권리와 의무를 포괄적으로 양도하는 것을 말한다. (2010. 12. 30. 개정) ③ 법 제32조 제1항에서 “대통령령으로 정하는 소비성서비스업”이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사업(이하 “소비성서비스업”이라 한다)을 말한다. (2010. 2. 18. 신설) 1. 호텔업 및 여관업(「관광진흥법」에 따른 관광숙박업은 제외한다) (2010. 2. 18. 신설) 2. 주점업(일반유흥주점업, 무도유흥주점업 및 「식품위생법 시행령」 제21조에 따른 단란주점 영업만 해당하되, 「관광진흥법」에 따른 외국인전용유흥음식점업 및 관광유흥음식점업은 제외한다) (2010. 2. 18. 신설) 3. 그 밖에 오락ㆍ유흥 등을 목적으로 하는 사업으로서 기획재정부령으로 정하는 사업 (2010. 2. 18. 신설) ④ 법 제32조 제1항의 규정에 의하여 양도소득세의 이월과세를 적용받고자 하는 자는 현물출자 또는 사업양수도를 한 날이 속하는 과세연도의 과세표준신고(예정신고를 포함한다)시 새로이 설립되는 법인과 함께 기획재정부령이 정하는 이월과세적용신청서를 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다. (2010. 2. 18. 항번개정) ⑤ 법 제32조 제2항에서 “대통령령으로 정하는 금액”이란 사업용고정자산을 현물출자하거나 사업양수도하여 법인으로 전환하는 사업장의 순자산가액으로서 제28조 제1항 제2호의 규정을 준용하여 계산한 금액을 말한다. (2010. 2. 18. 개정) ⑥ 법 제32조 제1항에 따라 설립되는 법인(이하 이 조에서 “전환법인”이라 한다)이 같은 조 제1항에 따른 현물출자 또는 사업 양도ㆍ양수의 방법으로 취득한 사업용고정자산의 2분의 1이상을 처분하거나 사업에 사용하지 않는 경우 법 제32조 제5항 제1호에 따른 사업의 폐지로 본다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그러하지 아니한다. (2013. 2. 15. 개정) 1. 전환법인이 파산하여 승계받은 자산을 처분한 경우 (2013. 2. 15. 개정) 2. 전환법인이 「법인세법」 제44조 제2항에 따른 합병, 같은 법 제46조 제2항에 따른 분할, 같은 법 제47조 제1항에 따른 물적분할, 같은 법 제47조의 2 제1항에 따른 현물출자의 방법으로 자산을 처분한 경우 (2013. 2. 15. 개정) 3. (삭제, 2018. 2. 13.) 4. 전환법인이 「채무자 회생 및 파산에 관한 법률」에 따른 회생절차에 따라 법원의 허가를 받아 승계받은 자산을 처분한 경우 (2013. 2. 15. 개정) ⑦ 법 제32조 제5항 제2호의 처분은 주식 또는 출자지분의 유상이전, 무상이전, 유상감자 및 무상감자(주주 또는 출자자의 소유주식 또는 출자지분 비율에 따라 균등하게 소각하는 경우는 제외한다)를 포함한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그러하지 아니하다. (2014. 2. 21. 개정) 1. 법 제32조 제1항을 적용받은 거주자(이하 이 조에서 “해당 거주자”라 한다)가 사망하거나 파산하여 주식 또는 출자지분을 처분하는 경우 (2013. 2. 15. 신설) 2. 해당 거주자가 「법인세법」 제44조 제2항에 따른 합병이나 같은 법 제46조 제2항에 따른 분할의 방법으로 주식 또는 출자지분을 처분하는 경우 (2013. 2. 15. 신설) 3. 해당 거주자가 법 제38조에 따른 주식의 포괄적 교환ㆍ이전 또는 법 제38조의 2에 따른 주식의 현물출자의 방법으로 과세특례를 적용받으면서 주식 또는 출자지분을 처분하는 경우 (2018. 2. 13. 개정) 4. 해당 거주자가 「채무자 회생 및 파산에 관한 법률」에 따른 회생절차에 따라 법원의 허가를 받아 주식 또는 출자지분을 처분하는 경우 (2013. 2. 15. 신설) 5. 해당 거주자가 법령상 의무를 이행하기 위하여 주식 또는 출자지분을 처분하는 경우 (2013. 2. 15. 신설) 6. 해당 거주자가 가업의 승계를 목적으로 해당 가업의 주식 또는 출자지분을 증여하는 경우로서 수증자가 법 제30조의 6에 따른 증여세 과세특례를 적용받은 경우 (2015. 2. 3. 신설) ⑧ 제7항 제6호에 해당하는 경우에는 수증자를 해당 거주자로 보아 법 제32조 제5항을 적용하되, 5년의 기간을 계산할 때 증여자가 법인전환으로 취득한 주식 또는 출자지분을 보유한 기간을 포함하여 통산한다. (2015. 2. 3. 신설)

 

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[출처] http://m.taxnet.co.kr/silmuHaesul/tax_View.asp?num=7830&sCheck=1

 

1. 법인전환의 의의 및 필요성

일반적으로 법인전환이라 함은 개인이 영위하던 개인사업체를 동일성을 유지하면서 법인 형태로 조직을 바꾸는 것을 의미한다. 이렇게 개인사업을 법인으로 전환하는 것이 필요한 이유는 다양하게 설명할 수 있으나, 그 중 가장 중요한 몇가지를 소개하면 다음과 같다.

 

·        첫째, 법인의 경우 개인사업체보다 자금 조달이 용이하다. 법인의 경우 법인 자금 관리 등을 개인 재산과 분리하여야 하고 개인 재산과 완벽하게 분리된 회계 장부를 만들어야 하기 때문에 개인기업에 비하여 대외공신력이나 신용도를 높일 수가 있다. 또한 법인의 경우 개인기업이 할 수 없는 회사채 발행 등을 할 수 있어 사업 자금 조달이 용이하다.

 

·        둘째, 기업의 장기적 발전을 도모할 수 있다. 개인기업의 경우 사업주의 질병, 사망 등 개인적인 사정에 따라 기업의 존속여부가 결정되는데 반하여 법인의 경우 조직을 갖추고 전문경영인에 의하여 운영되어 특정 개인의 사정에 따라 기업의 존속여부가 크게 영향을 받지 않을 수 있다.

 

·        셋째, 개인사업과 법인에 대한 세부담 차이 때문이다. 개인 사업체에서 벌어들인 소득에 대하여는 아래와 같이 다단계 누진세율이 적용되어 최저 6%부터 최대 42%의 세율이 적용된다. 그러나 이에 반하여 법인의 경우 2억원 이하의 과세소득에 대하여는 10%, 2억원을 초과하는 과세소득 부분에 대하여는 20%의 법인세율이 적용된다(※ 물론 법인의 경우에도 과세표준이 200억원을 초과하는 경우 22%, 3000억원을 초과하는 경우 25%의 법인세율이 적용되나 법인전환을 고려하는 개인사업자에게 있어서는 적용될 가능성이 거의 없을 것으로 판단된다).

 

2. 법인전환에 있어서 발생할 수 있는 세무상 문제점

위에서 언급한 바와 같이 법인전환이라 함은 개인이 영위하던 개인사업체를 동일성을 유지하면서 법인 형태로 조직을 바꾸는 것이므로 경제적 실질 측면에서는 변한 것이 없으므로 법인전환 과정에 있어서는 별다른 세금 문제가 발생하지 않아야 하는 것이 합리적이라 할 수 있다. 그러나 세법적 관점에서는 여러가지 세무 문제가 발생하는 바, 법인전환시에 발생 가능한 중요 세무문제는 다음과 같다.

 

·        첫째,양도소득세 문제가 발생할 수 있다. 예를 들어 임대업을 영위하던 개인사업자가 법인전환하면서 토지를 법인에 현물출자하거나 사업양도하는 경우 세법에서는 이를 양도로 보기 때문에 개인사업자에게는 양도소득세 문제가 발생한다.

 

·        둘째,법인입장에서는 취득세 문제가 발생할 수 있다. 법인이 개인사업자로부터 토지, 건물 등 취득세 과세물건을 현물출자 받거나 양도받는 경우 법인에게는 취득세 납세의무가 발생하게 된다.

 

·        셋째,개인사업자로부터 법인으로 이전되는 자산에 대하여 부가가치세 과세 문제가발생 할 수 있다. 참고로 부가가치세법에서는 현물출자이든, 사업양도든 상관없이 사업이 포괄적으로 법인으로 이전되는 경우 이는 부가가치세 과세대상이 아닌 것으로 규정하고 있으나, 세법이 정한 포괄적인 사업양도 조건을 만족시키지 못할 경우에는 부가가치세 과세대상이 될 수도 있으니 주의하여야 한다.

 

3. 개인사업의 법인전환 방법

1. 현물출자에 의한 방법

현물출자란, 금전 이외의 재산으로 법인에 출자하는 것을 말한다. 상법상 회사의 자본금 출자는 금전으로 하는 것을 원칙으로 하고 있다. 이는 금전이 아닌 다른 재산으로 출자가 이루어지는 경우 부실 자산의 출자 등으로 인한 회사의 자본이 부실해질 가능성이 있기 때문이다. 그러나 경우에 따라서는 금전 이외의 재산으로 출자를 해야 할 경우가 있다. 이러한 경우에는 법원의 인가를 받아 출자가 가능하도록 하고 있는 바 이를 현물출자라고 하는 것이다.
이러한 현물출자방법에 의한 법인전환의 절차는 다음과 같다.

 

(1) 현물출자계약서 작성

계약서의 작성 주체는 개인사업자와 현물출자에 의하여 설립중인 법인이 되어야 한다. 이러한 현물출자계약서에는 당연히 현물출자 기준일과 현물출자로 법인에 출자될 자산 및 부채 리스트가 담겨져야 한다.

 

(2) 설립중인 회사의 정관 작성 및 사업자등록증의 신청

현물출자가 완료되지 않은 상태로 자본금 등이 확정되어 있지 않지만 법인의 정관 및 주주명부를 작성하여 법원에 인가를 신청할 때 제출되어야 한다. 한편 비록 현물출자가 완료되지 않아 법인등록번호는 발급되지 않았으나 사업자등록증은 신청할 수 있다(「부가가치세법」 제8조 제1항). 현물출자의 경우 법원인가를 받아야 하기 때문에 예상보다 시간이 소요될 수 있으며 법인설립과정 중에 발생하는 세금계산서 등을 처리하기 위해서 법인설립 전이라도 사업자등록증이 필요할 수 있다. 따라서 사업자등록증은 미리 신청해 놓는 것이 좋다. 이 경우 예비 정관, 주주명부 및 사업장의 임대차계약서 등이 필요하다.

 

(3) 개인사업자의 결산완료

해당 사업연도 1월 1일부터 현물출자기준일까지 기간에 대하여 결산을 완료하고 법인에 현물 출자될 자산, 부채의 장부가액을 확정한다.
참고로 이는 법인으로 현물출자 될 자산 및 부채를 확정하기 위한 결산이며 현물출자가 법원의 인가를 받고 법인이 설립될 때까지는 한달 이상의 기간이 소요될 수 있으니, 실제 현물출자가 완료될 때까지 개인기업의 영업은 유지가 되어야 하며, 실제 현물출자 절차 완료시에 다시 한번 결산 절차를 취하여 주는 것이 필요하다.

 

(4) 현물출자 재산에 대한 감정

현물출자는 상법상의 변태설립사항으로서 법원선임 검사인에 의해 그 내용 및 가액을 조사받아야 한다. 현행 상법에서는 이 경우 현물출자내용의 조사를 법원선임 검사인 외에 공인된 감정인의 감정으로 갈음할 수 있도록 하였다. 부동산의 경우 감정평가사, 채권ㆍ채무 및 금융자산의 경우 공인회계사의 감정서를 제출하여 법원의 검사인을 대신하는 것이 일반적이다.

■ 고정 자산의 감정

「상법」 제416조에 따르면 현물출자를 하는 경우 회사의 이사는 현물출자를 하는 자의 성명과 그 목적인 재산의 종류, 수량, 가액과 이에 대하여 부여할 주식의 종류와 수에 대한 사항을 조사하게 하기 위하여 검사인의 선임을 법원에 청구하여야 한다.

검사인은 회사의 신청에 의하여 법원 해당부서의 서기관급 직원 중에서 판사가 선임하며 상법상 변태설립사항, 현물출자의 이행에 대하여 조사하여 법원에 보고한다.

검사인의 조사에 소요되는 기간은 검사인 선임신청에서부터 검사인의 조사보고서가 송달될 때까지 법원 사정에 따라 차이가 있으나 대략 15일 내지 30일이 소요된다.
그러나 현행 상법에서는 정관의 상대적 기재사항 중 발기인이 받을 특별한 이익 및 회사가 부담할 설립비용과 발기인의 보수에 관하여는 공증인의 조사, 보고로 현물출자에 관한 내용 및 회사설립 후 양수 약정 내용과 현물출자의 이행에 관하여는 공인된 감정인의 감정으로 검사인의 조사에 갈음할 수 있도록 하고 있으므로, 검사인 조사기간을 단축하기 위하여 공증인과 공인된 감정인을 선임하여 조사 및 감정을 받는 것이 바람직하다. 따라서 현물출자에 있어서 개인기업의 유무형자산에 대하여는 감정평가법인의 감정평가를 받는 것이 일반적이다.

한편, 세법적 측면에서도 현물출자는 세무상 특수관계인간의 거래이기 때문에 시가를 기준으로 이루어져야 하는 바, 시가를 적용하여 현물출자가 되었음을 입증하는 증거로서 감정이 필요하고 만일 양도소득세 이월과세 등 과세특례를 적용할 경우 순자산가액의 결정이 매우 중요한데 이를 정확히 산정하기 위하여 감정이 필요하다고 할 수 있다.

■ 공인회계사의 회계감사

앞서 언급한 바와 같이 현물출자시 유형자산에 대하여는 감정인의 감정을 받아야 하는데 유형자산을 제외한 금융자산이나 채권, 채무 등이 있을 경우, 이에 대하여는 공인회계사의 회계감사를 받는 것이 일반적이다. 이러한 회계감사는 개인기업의 결산재무제표 및 부속명세서를 대상으로 이루어지며 채권ㆍ채무조회서, 금융거래조회서 등이 준비되어야 한다.

 

(5) 법원인가의 신청

법원은 회사의 예비정관, 감정결과 및 현물출자보고서 등에 대한 심사를 하여 인가 여부를 결정한다. 이 과정에서 담당 판사가 보정이나 소명이 필요한 경우 추가 보정이나 소명을 요구하기도 한다.

또한 법원은 검사인의 보고서 또는 감정인의 감정결과를 심사하여 조사결과에 대해 부당하다고 인정할 때에는 이를 변경하여 이사와 현물출자를 한 자에게 통보할 수 있도록 되어 있는데, 이를 법원의 변경처분 및 변경재판이라고 하고, 이 변경처분에 이의가 있는 경우에는 즉시항고로 이를 다툴 수 있으나, 그렇지 않은 경우에는 통보가 있은 후 2주가 도과 하면 통보내용대로 변경된 것으로 간주한다.

 

(6) 법인설립 등기 및 명의이전

법원의 인가를 받게 되면 그로부터 2주 이내에 법인설립등기를 하여야 한다. 법인설립등기가 완료되면 개인기업에서 법인으로 현물출자 된 각종 자산ㆍ부채 중 명의가 등록ㆍ등재된 자산ㆍ부채의 명의를 법인으로 이전하는 등의 후속조치가 뒤따라야 한다.

ㆍ부동산 명의 이전 : 토지와 건물 소유권 이전 등기 및 취득세 신고납부
ㆍ차량 등 : 2주 이내에 소유권을 이전하고 취득세 신고납부
ㆍ공장 : 시ㆍ군ㆍ구청의 산업과에 등록 변경
ㆍ금융기관의 예금 및 차입금 : 명의 변경

 

2. 사업양수도에 의한 방법

이는 개인기업에 속한 자산 및 부채를 신설법인 또는 기존법인에 양도(법인 입장에서는 양수)하여 법인화시키는 방법이다. 이에는 포괄양수도와 개별양수도가 있다.

먼저 포괄양수도는 사업용자산 및 부채를 비롯하여 종업원을 비롯한 권리와 의무를 포괄적으로 법인에 이전하는 것으로 사업의 동일성을 유지한 채 경영주체만 바뀌는 것이다. 부가가치세법에서는 이를 과세거래로 보지 않으므로 세금계산서를 발행하지 않는다.
이에 반하여 개별 양수도는 일부 자산 및 부채 또는 종업원 등을 법인으로 승계시키지 않아, 앞서 언급한 포괄 양수도 요건을 만족시키지 못하는 양수도를 의미한다.

사업의 개별 양도는 부가가치세법상 과세대상이 될 수 있는 바, 개인기업은 법인으로 양도되는 자산에 대하여 세금계산서를 발급하여야 한다.
후설할 양도소득세 이월과세나 취득세 감면 등의 혜택을 받는 사업양수도는 포괄 양수도 요건을 만족시켜야 한다. 따라서 실무적으로 대부분의 사업양수도에 의한 법인전환은 포괄 사업양수도 방식에 따라 이루어진다.
사업양수도에 의한 법인전환 절차는 현물출자에 의한 법인전환과 대동 소이하다.

현물출자와 달리 법인에 먼저 현금출자를 실행하여 사업을 인수할 자금을 마련한 후 동 자금을 개인사업자에게 사업인수 대가를 지급하여야 한다. 따라서 일반적인 현금 납입에 따른 설립과 다를 바 없는 바, 법인의 인가를 받는 절차만 생략된다고 할 수 있다.

 

많은 납세자들이 이 경우에도 현물출자에 의한 법인전환과 마찬가지로 양도되는 자산에 대한 감정평가 등을 받아야 하는가에 대하여 궁금해한다. 유의할 점은 이 경우에도 반드시 자산 및 부채의 이전이 시가를 반영하여 이루어져야 한다는 것이다. 왜냐하면 법인전환 과정에서 설립되는 법인과 개인사업자는 개인이 법인의 주주이므로 세법상 특수관계인에 해당되므로 세법상 부당행위계산부인 규정을 적용 받지 않으려면 반드시 양수도거래는 시가를 반영하여야 한다. 또한 양도소득세 이월과세 등 과세특례 요건을 만족시키려면, 신설되는 법인의 자본금이 법인으로 전환하는 사업장의 전환일 현재 시가로 평가한 순자산가액 이상이 되어야 하므로 자산의 시가평가가 필요하다.

다만, 사업양수도에 의한 법인전환에서는 법인의 인가를 받는 것이 불필요하므로 감정평가사의 감정서나 감사보고서 등을 법원에 제출할 필요는 없으나 세법상 요건을 만족시키기 위하여 시가 평가를 하는 것이다.

 

3. 중소기업통합에 의한 법인전환

두개 이상의 중소기업이 통합(개인 + 개인 또는 개인 + 법인)으로 인하여 하나의 법인이 되는 것을 의미한다. 법인전환은 현물출자, 사업양수도에 의한 것이 일반적인데 둘 이상의 사업장을 영위하는 개인이 이를 통합하여 법인을 신설하고자 하는 경우 또는 개인 사업을 현존하는 법인으로 현물출자 또는 사업 양도하여 법인화 시키고자 하는 경우를 위하여 특별히 조세특례제한법에서 규정하고 있는 것이 중소기업통합에 의한 법인 전환이다.

4. 법인전환에 대한 양도소득세 이월과세

 

5. 법인전환 관련 기타 문제

1. 사업용부동산의 취득세 면제

국세와 동일하게 사업용부동산에 한하여 취득세 100% 감면(취득세감면분에 대한 농특세 20%는 과세)해주고 2년 내 사후관리 규정을 두고 있다. 즉, 승계사업을 폐지하거나 해당 자산을 처분하는 경우 감면한 취득세를 추징하겠다는 건데 국세와 기간만 다르지 유사하다.
2019년 1월 1일 이후 취득분 부터는 취득세 100% 감면대상이라도 최소한 15%의 취득세를 납부하도록 하는 “최소납부세액제도”가 적용된다. 국세로 치면, 최저한세에 해당되는 규정으로 앞으로 법인전환에 있어서 주의할 필요가 있다.

 

2. 부가가치세 과세 여부

법인전환으로 인하여 개인기업에서 법인으로 현물출자 또는 양도되는 자산에 대하여 부가가치세 과세 문제가 발생할 수 있다. 그러나 부가가치세법에서는 사업장별로 사업용 자산을 비롯한 물적ㆍ인적시설 및 권리와 의무를 포괄적으로 승계시키는 경우(미수금, 미지급금, 사업과 관련없는 토지ㆍ건물 등 제외) 이를 재화의 공급으로 보지 않아 부가가치세가 과세되지 않도록 하고 있다.
그 사례는 다음과 같다(부가가치세 집행기준 10-23-1).

①개인인 사업자가 법인설립을 위하여 사업장별로 그 사업에 관한 모든 권리와 의무를 포괄적으로 현물출자하는 경우

②과세사업과 면세사업을 겸영하는 사업자가 사업장별로 과세사업에 관한 모든 권리와 의무를 포괄적으로 양도하는 경우

③과세사업에 사용ㆍ소비할 목적으로 건설 중인 독립된 제조장으로서 등록되지 아니한 사업장에 관한 모든 권리와 의무를 포괄적으로 양도하는 경우

④사업과 관련없는 특정 권리와 의무, 사업의 일반적인 거래 외에서 발생한 미수채권ㆍ미지급채무를 제외하고 사업에 관한 모든 권리와 의무를 승계시키는 경우

⑤사업의 포괄적 승계 이후 사업양수자가 사업자등록만을 지연하거나 사업자등록을 하지 아니한 경우

⑥사업을 포괄적으로 승계 받은 자가 승계 받은 사업 외에 새로운 사업의 종류를 추가하거나 사업의 종류를 변경한 경우

3. 영업권

개인기업을 포괄적으로 법인에 양도하거나 현물 출자할 때 자산 및 부채를 시가로 평가하여 법인으로 넘겨야 하므로 개인기업이 소유하던 허가 및 인가, 영업비밀, 기업 명성 등에 따른 영업권이 발생할 수 있다.

개입사업자와 전환법인 또는 통합법인간에는 특수관계가 성립하므로 동 법인전환에도 부당행위계산부인 규정이 적용될 수 있다. 그러나 일반적으로 개인사업자가 전환법인의 지분을 100% 보유하게 되는 것이 일반적이므로 이에 대하여는 국세청 예규에 따라 영업권을 계상하지 않더라도 부당행위계산부인 규정을 적용 받지 않을 수 있다(재법인 46012-186, 2002.11.18.).

또한 양도소득세 이월과세에서 자본금이 승계되는 개입사업의 순자산가액 이상 발행되어야 하는데 이 경우 순자산가액 산정에 있어서 영업권은 제외되므로 영업권을 인식하지 않았다 하더라도 양도소득세 이월과세 요건을 만족시킬 수 있다.
다만, 영업권을 인식하게 되면 향후 감가상각을 통하여 법인의 손금으로 인식할 수 있어 절세에 도움이 된다. 여기서 중요한 것은 전환법인이 개인사업자에게 영업권 대가를 주게 되면 이는 기타소득에 해당되므로 법인이 개인에게 지급하는 영업권 대가에 대하여 원천징수를 하여야 한다. 또한 사업용 부동산과 함께 영업권에 대한 대가를 받게 되면 이는 양도소득에 해당되어 양도소득세신고에 포함시켜야 한다.