교환거래에 있어 비상장주식의 양도가액 및 기준시가 산정방법

1. 교환거래에 있어 양도가액 산정 방법

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교환 시 양도가액 계산 방법

 

교환 당시 시가 감정을 하여 교환차액을 주고받았다면 실지거래가액이 있는 경우에 해당하고, 이 떄 양도가액은 취득할 자산의 감정가액에 지급하거나 받은 현금을 빼거나 더한 금액이 되는 것입니다(대법96누860, 1997.2.11 외).

그러나 시가 감정이 없었던 경우에는 기준시가 등으로 추계하여 양도가액을 계산합니다. 이 때 양도가액은 양도자산의 양도 당시 기준시가 등이 됩니다(서울고등법원2009누31528, 2010.05.11).

 

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한편 양도소득세액을 산출하는 기초가 되는 당해 자산의 실지거래가액이라 함은 거래 당시 양도자가 자산을 양도하고 그 대가로 지급받은 가액으로서 매매계약 기타 증빙자료에 의하여 객관적으로 인식되는 가액을 말하는 것이므로, 거래가 교환인 경우에는 그것이 특히 목적물의 금전가치를 표준으로 하는 가치적 교환으로서 교환대상 목적물에 대한 시가감정을 하여 그 감정가액의 차액에 대한 정산절차를 수반하는 등의 경우에는 실지거래가액을 확인할 수 있다고 하겠지만, 그렇지 아니한 단순한 교환인 경우에는 실지거래가액을 확인할 수 없는 경우에 해당한다(대법원 1999. 11. 26. 선고 98두19841 판결 등 참조). 그리고 이는 교환계약 당사자들이 교환대상 목적물의 가액을 임의로 평가하여 정한 다음 그 차액을 산정한 경우에도 마찬가지라고 할 것이다(대법원 2012. 2. 9. 선고 2010두27592 판결 등 참조). 교환에 의한 양도에 대하여 기준시가에 의하여 양도가액을 산출하는 경우 그 기준시가는 교환에 의하여 양도되는 목적물의 기준시가에 의하여야 하나(대법원 1997. 2. 11. 선고 96누860 판결 등 참조), 교환대상 목적물의 객관적 가액평가를 기준으로 한 가치적 교환으로서 실지거래가액을 확인할 수 있는 경우에는 교환으로 취득하는 목적물의 금전가치와 지급받은 현금 등이 교환으로 양도되는 목적물의 실지거래가액이 된다(대법원 2011. 2. 10. 선고 2009두19465 판결 등 참조).

 

2. 비상장주식을 교환하는 경우 양도가액과 취득가액

 

(1) 실지거래가액이 있는 경우?

 

시세랄 것이 딱히 없는 비상장주식을 매매하는 경우엔 상증세법상 보충적 평가방법에 따라 주식의 가액을 산정하는 경우가 많습니다.  상증세법 제35조(저가 양수 또는 고가 양도에 따른 이익의 증여)에 따라 증여세가 부과될 위험을 피하기 위해서입니다. 그렇다면 상증세법상 보충적 평가방법에 따라 가치를 산정한 비상장주식을 교환 거래(비상장주식을 쌍방 교환하거나, 비상장주식을 넘기고 금전 외 재산을 받는 경우)하며 평가금액의 차액은 정산한다면, 실지거래가액이 있는 경우로 볼 수 있을까요?

 

"보충적" 평가방법에 의해 주식의 가액을 산정하였다는 것부터 이미 실지거래가액이 없다는 것으로 보아야 할 것 같습니다. 교환거래에 있어 실지거래가액이 되기 위해선  시가감정이 있어야 한다고 했습니다. 이 때의 시가란 일반적이고 정상적인 거래에 의하여 형성된 객관적 가격을 말하는 것입니다. 그런데 상증세법상 보충적 평가방법이란, 이런 시가를 알기 어려울 때 "보충적"으로 시가와 비슷하도록 평가하는 방법이기 때문입니다.

 

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(2) 앞서 본 사실 및 을 제4, 6, 7호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 더하여 알 수 있는 다음과 같은 사정들을 위 법리에 비추어 보면, 이 사건 교환계약은 실지거래가액을 확인할 수 없는 경우로서 구 소득세법 제114조 제7항, 구 소득세법 시행령 제176조의2 제1항 및 제3항에 따라 이 사건 주식의 기준시가를 양도가액으로 보아 양도차익을 산정하여야 한다고 봄이 타당하다.

① 원고와 강☆☆이 이 사건 교환계약을 체결함에 있어 상증세법상 보충적 평가방법에 따라 이 사건 주식이나 교환부동산의 가액을 산정하고, 이를 기초로 강☆☆이 원고에게 교환차액을 지급하는 것으로 정하였음은 앞서 본 바와 같다. 그런데 △ 이 사건 교환계약은 강☆☆이 교환계약 체결일로부터 3개월 이내에 원고에게 교환차액을 지급하지 않는 경우 특별한 의사표시 없이 교환차액 상당액을 소비대차한 것으로 간주하고, ‘국세청 적정이자율’에 따른 이자를 지급하도록 정하고 있는 점, △ 강☆☆이 이 사건 교환계약 체결일로부터 3개월 이내에 원고에게 교환차액을 지급하였음을 인정할 자료가 없고, 해당 기간 동안 적정 이자율에 따른 이자를 지급하였다고 볼만한 자료도 없는 점, △ 원고와 강☆☆은 형제로서 구 상속세 및 증여세법 제35조에 따라 증여가 의제되는 특수관계인에 해당하는 점 등에 비추어 보면, 위와 같은 원고와 강☆☆의 교환목적물의 가액 산정 및 이에 따른 정산절차는 원고와 강☆☆이 교환 목적물의 금전가치를 표준으로 하는 가치적 교환을 하기 위하여 이루어진 것이라기보다 이 사건 주식 및 교환부동산의 특성상 객관적인 시가 확인이 곤란한 상황에서 특수관계인간의 거래에 따른 증여의제 등의 부담을 피하면서 교환차액을 산정하기 위하여 임의로 택한 방법이었던 것으로 보일 뿐이다. 따라서 이 사건 교환계약이 목적물의 금전가치를 표준으로 하는 가치적 교환에 해당한다고 단정하기 어렵다.

② 이 사건 교환계약에 대한 양도소득세 조사보고서(을 제4호증)에도 ‘당해 거래의 교환계약서상 교환대상물의 가액이 기재되어 있지 않고 기준시가로 평가하여 차액금을 정산하기로 한다고만 기재되어 있으므로 양도가액을 실지거래가액이 존재하지 않는 경우로 보고 기준시가로 산정함은 타당하다’라는 내용이 기재되어 있다. 피고도 위 조사결과에 따라 이 사건 주식의 양도가액을 상증세법상 보충적 평가방법으로 평가한 기준시가로 보고 이 사건 부과처분을 한 것으로 보인다(만약 이 사건 교환계약에서 당사자가 평가한 가액이 실지거래가액에 해당함을 전제로 원고에 대하여 양도소득세를 부과하려면, 양도대상인 이 사건 주식의 기준시가가 아니라 그 대가로 취득하는 이 사건 교환부동산의 기준시가 및 양도차액의 합계액을 양도가액으로 삼아야 한다). 

 

(2) 양도가액

 

실지거래가액을 알 수 없는 경우이므로, 양도가액은 양도하는 주식의 기준시가가 되어야 합니다. 즉, ① 대가로 받는 게 아니라 주는 주식의 ② 상증세법상 보충적 평가액이 아닌 소득세법상 기준시가가 양도가액이 됩니다. ① 양도하는 주식을 기준으로 양도가액을 산정한다는 것은 위에서 이미 보았는데, 그 금액이 상증세법상 보충적 평가액이 아닌 소득세법상 기준시가가 되어야 한다는 건 부연설명이 필요할 것 같습니다.

 

소득세법에선 실지거래가액을 확인할 수 없는 경우 매매사례가액, 감정가액, 환산취득가액, 기준시가의 순서로 적용하여 산정한 금액을 양도가액 또는 취득가액으로 한다고 규정하고 있습니다.

 

소득세법시행령 제176조의 2 [ 추계결정 및 경정 ]

③ 법 제114조 제7항에 따라 양도가액 또는 취득가액을 추계결정 또는 경정하는 경우에는 다음 각 호의 방법을 순차적으로 적용(신주인수권의 경우에는 제3호를 적용하지 않는다)하여 산정한 가액에 따른다. 다만, 제1호에 따른 매매사례가액 또는 제2호에 따른 감정가액이 제98조 제1항에 따른 특수관계인과의 거래에 따른 가액 등으로서 객관적으로 부당하다고 인정되는 경우에는 해당 가액을 적용하지 않는다.
1. 양도일 또는 취득일 전후 각 3개월 이내에 해당 자산(주권상장법인의 주식등은 제외한다)과 동일성 또는 유사성이 있는 자산의 매매사례가 있는 경우 그 가액
2. 양도일 또는 취득일 전후 각 3개월 이내에 해당 자산(주식 등을 제외한다)에 대하여 둘 이상의 감정평가업자가 평가한 것으로서 신빙성이 있는 것으로 인정되는 감정가액(감정평가기준일이 양도일 또는 취득일 전후 각 3개월 이내인 것에 한정한다)이 있는 경우에는 그 감정가액의 평균액. 다만, 기준시가가 10억원 이하인 자산(주식등은 제외한다)의 경우에는 양도일 또는 취득일 전후 각 3개월 이내에 하나의 감정평가업자가 평가한 것으로서 신빙성이 있는 것으로 인정되는 경우 그 감정가액(감정평가기준일이 양도일 또는 취득일 전후 각 3개월 이내인 것에 한정한다)으로 한다.
3. 제2항의 규정에 의하여 환산한 취득가액
4. 기준시가

 

그리고 소득세법상 비상장주식의 기준시가는 상증세법상 보충적 평가방법을 준용하여 평가한 가액이긴 한데, 상증세법상 보충적 평가방법과는 조금 다릅니다.

 

소득세법 제99조 [ 기준시가의 산정 ](2019.12.31 제16834호)

① 제100조 및 제114조 제7항에 따른 기준시가는 다음 각 호에서 정하는 바에 따른다.
4. 제3호에 따른 대통령령으로 정하는 주권상장법인의 주식등 중 제3호에 해당하지 아니하는 것과 제94조 제1항 제3호 나목에 따른 주식(=비상장법인의 주식)등
「상속세 및 증여세법」 제63조 제1항 제1호 나목을 준용하여 평가한 가액. 이 경우 평가기준시기 및 평가액은 대통령령으로 정하는 바에 따르되, 장부분실 등으로 취득당시의 기준시가를 확인할 수 없는 경우에는 액면가액을 취득당시의 기준시가로 한다.

 

소득세법시행령 제165조 [토지· 건물외의 자산의 기준시가 산정]

④ 법 제99조 제1항 제4호 후단에 따른 평가기준시기 및 평가액은 다음 각 호에 정하는 바에 따른다.
1. 1주당 가액의 평가는 가목의 계산식에 따라 평가한 가액(이하 이 항에서 "순손익가치"라 한다)과 나목의 산식에 따라 평가한 가액(이하 이 항에서 "순자산가치"라 한다)을 각각 3과 2의 비율(법 제94조 제1항 제4호 다목에 해당하는 법인의 경우에는 순손익가치와 순자산가치의 비율을 각각 2와 3으로 한다)로 가중평균한 가액으로 한다. 다만, 그 가중평균한 가액이 1주당 순자산가치에 100분의 80을 곱한 금액보다 적은 경우에는 1주당 순자산가치에 100분의 80을 곱한 금액을 평가액으로 한다.
가. 양도일 또는 취득일이 속하는 사업연도의 직전 사업연도의 1주당 순손익액 ÷ 「금융실명거래 및 비밀보장에 관한 법률」 제2조 제1호에 따른 금융기관이 보증한 3년만기회사채의 유통수익률을 고려하여 기획재정부장관이 정하여 고시하는 이자율
나. 양도일 또는 취득일이 속하는 사업연도의 직전 사업연도 종료일 현재 해당 법인의 장부가액(토지의 경우는 법 제99조 제1항 제1호 가목에 따른 기준시가) ÷ 발행주식총수
2. 제1호를 적용하는 경우 법 제99조 제1항 제4호의 주식등(이하 이 호에서 “비상장주식등”이라 한다)을 발행한 법인이 다른 비상장주식등을 발행한 법인의 발행주식총수 또는 출자총액의 100분의 10 이하의 주식 또는 출자지분을 소유하고 있는 경우에는 그 다른 비상장주식등의 평가는 제1호에도 불구하고 「법인세법 시행령」 제74조 제1항 제1호 마목에 따른 취득가액에 따를 수 있다.
3. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 주식등의 경우에는 제1호 각 목 외의 부분에 불구하고 제1호나목의 산식에 따라 평가한 가액으로 한다.
가. 법 제110조에 따른 양도소득과세표준 확정신고기한 이내에 청산절차가 진행 중인 법인과 사업자의 사망 등으로 인하여 사업의 계속이 곤란하다고 인정되는 법인의 주식등
나. 사업개시 전의 법인, 사업개시 후 1년 미만의 법인과 휴·폐업 중에 있는 법인의 주식등
다. 양도일 또는 취득일이 속하는 사업연도 전 3년 이내의 사업연도부터 계속하여 결손금(「법인세법」상 각 사업연도에 속하거나 속하게 될 손금의 총액이 그 사업연도에 속하거나 속하게 될 익금의 총액을 초과하는 금액을 말한다)이 있는 법인의 주식등(2007.02.28 개정)
4. 제1호 나목을 적용하는 경우 “발행주식총수”는 양도일 또는 취득일이 속하는 사업연도의 직전 사업연도 종료일 현재의 발행주식총수에 의한다.

 

예컨대 상증세법에 따라 비상장주식을 보충적으로 평가할 때는, 해당 법인의 부동산 보유비율이 80% 이상인 경우 등 순손익가치를 고려하지 않고 순자산가치로만 평가해야하는 상황이 있습니다. 그러나 소득세법엔 이러한 규정이 없습니다. "상증세법을 준용"한다고 했으니, 이런 순자산가치로만 평가하는 규정도 똑같이 준용되는 것이 아니냐고 할 수 있는데요. 아래의 행정법원 판례에선 그렇지 않다고 합니다.

 

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⑴ 이 사건 주식 양도가 구 소득세법 제94조제1항 제3호 나목에서 정하는 주권상장법인이 아닌 법인의 주식 양도에 해당한다는 사실에 대하여는 당사자 사이에 다툼이 없고, 구 소득세법 제99조 제1항 제4호는 위 주식 양도의 경우 기준시가는 ‘상속세 및 증여세법 제63조 제1항 제1호 다목을 준용하여 평가한 가액’에 따르도록 하면서, ‘평가기준시기 및 평가액은 대통령령으로 정하는 바에 따’르도록 규정하고 있다. 이에 따라 구 소득세법 시행령 제165조 제4항 제1호는 1주당 가액의 평가를 순손익가치와 순자산가치를 각각 3과 2의 비율로 가중평균한 가액으로 하되, 다만 법인의 자산총액 중 부동산 가액이 차지하는 비율이 100분의 50 이상인 법인은 순손익가치와 순자산가치의 비율을 각각 2와 3으로 하도록 규정하고, 같은 항 제3호는 양도소득과세표준 확정신고기한 이내에 청산절차가 진행 중인 법인과 사업자의 사망 등으로 인하여 사업의 계속이 곤란하다고 인정되는 법인의 주식 등은 순자산가치에 따라 가액을 평가하도록 규정하고 있다.

여기서 앞서 본 바에 의하면 ○○○는 그 자산총액 중 부동산 가액이 차지하는 비율이 100분의 50 이상임을 알 수 있고, ○○○가 양도소득과세표준 확정신고기한 이내에 청산절차가 진행 중이라는 등 구 소득세법 시행령 제165조 제4항 제3호에서 정하는 사유에 해당한다는 아무런 주장·입증이 없으므로, 이 사건 주식의 기준시가는 구 소득세법 시행령 제165조제4항 제1호 단서에 따라 순손익가치와 순자산가치를 각각 2와 3의 비율로 가중평균한 가액으로 평가하는 것이 타당하다.

⑵ 피고는, 구 소득세법 시행령 제165조 제4항 제1호 단서에서 같은 시행령 제158조 제1항 제1호 가목에 해당하는 법인, 즉 법인의 자산총액 중 부동산 가액이 차지하는 비율이 100분의 50 이상인 법인의 경우만 규정하고 있고 그 비율이 100분의 80 이상인 법인의 경우는 규정하고 있지 아니하므로, 그 비율이 100분의 80 이상인 ○○○ 주식 양도에 있어 그 가액 평가는 구 소득세법 제99조 제1항 제4호 1문, 구 상속세 및 증여세법 제63조 제1항 제1호 다목, 구 상속세 및 증여세법 시행령 제54조 제4항 제4호, 구 소득세법 시행령 제158조 제1항 제5호 가목에 근거하여 순자산가치액으로 평가해야 한다는 취지로 주장한다.

살피건대, 구 소득세법 시행령 제165조 제4항 제1호, 제3호의 규정체계에 비추어 볼 때, 위 시행령 제165조 제4항 제1호 단서에서 규정하는 법인의 자산총액 중 부동산 가액이 차지하는 비율이 100분의 50 이상인 법인에는 그 비율이 100분의 80 이상인 법인도 포함하고 있다고 해석함이 상당하므로, 이와 다른 해석을 전제로 한 피고의 주장은 받아들이지 아니한다.

 

(3) 취득가액

 

취득가액은 취득 당시의 기준시가가 되어야 합니다. 양도가액을 기준시가로 산정하는 경우 취득가액도 기준시가로 산정해야하기 때문입니다.

 

소득세법 제100조 [ 양도차익의 산정 ]

① 양도차익을 계산할 때 양도가액을 실지거래가액(제96조 제3항에 따른 가액 및 제114조 제7항에 따라 매매사례가액ㆍ감정가액이 적용되는 경우 그 매매사례가액ㆍ감정가액 등을 포함한다)에 따를 때에는 취득가액도 실지거래가액(제97조 제7항에 따른 가액 및 제114조 제7항에 따라 매매사례가액ㆍ감정가액ㆍ환산취득가액이 적용되는 경우 그 매매사례가액ㆍ감정가액ㆍ환산취득가액 등을 포함한다)에 따르고, 양도가액을 기준시가에 따를 때에는 취득가액도 기준시가에 따른다.

 

3. 부당행위 계산의 부인 적용 여부

 

소득세법상 양도소득의 부당행위계산의 부인에서 기준이 되는 "시가"는 상증세법상 시가 또는 보충적평가액을 말합니다.

 

제167조 [ 양도소득의 부당행위 계산 ]

⑤ 제3항 및 제4항을 적용할 때 시가는 「상속세 및 증여세법」 제60조부터 제66조까지와 같은 법 시행령 제49조, 제50조부터 제52조까지, 제52조의2, 제53조부터 제58조까지, 제58조의2부터 제58조의4까지, 제59조부터 제63조까지의 규정을 준용하여 평가한 가액에 따른다. 이 경우 「상속세 및 증여세법 시행령」 제49조제1항 각 호 외의 부분 본문 중 "평가기준일 전후 6개월(증여재산의 경우에는 평가기준일 전 6개월부터 평가기준일 후 3개월까지로 한다) 이내의 기간"은 "양도일 또는 취득일 전후 각 3개월의 기간"으로 본다.

 

비상장 주식을 교환할 때 양도가액은 소득세법상 기준시가이므로 상증세법상 보충적평가액, 즉 양도소득 부당행위 계산 상 시가와 다를 수 밖에 없습니다. 그렇지만 부당행위 계산의 부인은 적용되지 않을 것으로 판단됩니다.

 

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마. 부당행위계산부인의 대상인지 여부

(1) 구 소득세법 제101조 제1항은 ‘양도소득의 부당행위계산’이라는 제목하에 ‘납세지 관할 세무서장 또는 지방국세청장은 양도소득이 있는 거주자의 행위 또는 계산이 그 거주자의 특수관계인과의 거래로 인하여 그 소득에 대한 조세 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 그 거주자의 행위 또는 계산과 관계없이 해당 과세기간의 소득금액을 계산할 수 있다’라고 규정하고, 구 소득세법 시행령 제167조 제3항은 ‘법 제101조 제1항에서 조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 때란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 때를 말한다. 다만, 시가와 거래가액의 차액이 3억 원 이상이거나 시가의 100분의 5에 상당하는 금액 이상인 경우에 한한다’라고 규정하면서 제1호에서는 ‘특수관계인으로부터 시가보다 높은 가격으로 자산을 매입하거나 특수관계인에게 시가보다 낮은 가격으로 자산을 양도한 때’를, 제2호에서는 ‘그 밖에 특수관계인과의 거래로 해당 연도의 양도가액 또는 필요경비의 계산시 조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 때’를 각 들고 있다.
 
그런데 구 소득세법 제101조 제1항에 정한 부당행위계산부인이란 거주자가 특수관계인과의 거래에서 정상적인 경제인의 합리적인 방법에 의하지 아니하고 구 소득세법 시행령 제167조 제3항 각 호에 열거된 거래형태를 빙자하여 남용함으로써 조세부담을부당하게 회피하거나 경감시켰다고 하는 경우에 과세권자가 이를 부인하고 법령에 정한 방법에 의하여 객관적으로 타당해 보이는 양도소득이 있는 것으로 의제하는 제도로서, 경제인의 처지에서 볼 때 부자연스럽고 불합리한 행위계산을 함으로 인하여 경제적 합리성을 무시하였다고 인정되는 경우에 한하여 적용된다. 그리고 경제적 합리성의 유무를 판단할 때에는 해당 거래행위의 대가관계만을 따로 떼어 내어 단순히 특수관계인이 아닌 자와의 거래형태에서는 통상 행하여지지 아니하는 것이라 하여 바로 경제적 합리성이 없다고 보아서는 아니 되며, 거래행위의 제반 사정을 구체적으로 고려하여 과연 그 거래행위가 건전한 사회통념이나 상관행에 비추어 경제적 합리성이 없는 비정상적인 것인지의 여부에 따라 판단하여야 한다(대법원 2017. 1. 25. 선고 2016두50686 판결 참조).

(2) 위 법리에 비추어 보건대, 이 사건 교환계약에 따른 이 사건 주식의 양도가 특수관계인에게 시가보다 낮은 가격으로 자산을 양도한 때로서 거주자의 행위 또는 계산이 그 거주자의 특수관계인과의 거래로 인하여 양도소득세 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우에 해당하여 부당행위계산부인의 대상이 된다고 보기 어렵다. 그 이유는 다음과 같다.

① 앞서 본 바와 같이 원고와 강☆☆은 이 사건 교환계약 체결 당시 상속세 및 증여세법에 따라 이 사건 주식 가액을 순자산가치액에 가까운 8,031,833,508원으로, 이 사건 교환부동산 가액을 7,233,284,605원으로 보고, 위 임차보증금반환채무를 원고가 인수하되 강☆☆이 원고에게 교환차액 1,627,563,225원을 지급하는 것으로 정하였다.

그 이후 원고가 구 소득세법 시행령이 정하는 바에 따라 소득세법상 가중평균액을 양도하는 이 사건 주식의 기준시가로 하여 양도가액 및 그에 따른 양도소득세 신고를 하였다고 하더라도, 이는 앞서 살펴본 바와 같이 교환거래에 있어서의 양도가액과 관련된 법령 규정의 해석에 부합하는 행위이므로, 이로써 원고가 양도소득세의 부담을 부당하게 감소시켰다고 보기 어렵다. 또한, 이 사건 교환계약 체결 후에 이루어진 양도소득세 신고 행위로 인하여 원고가 이 사건 교환계약을 통하여 특수관계인에게 이 사건 주식을 저가에 양도한 것으로 보기도 어렵다.

② 피고는 구 소득세법 시행령 제165조 제4항 제1호 단서에 따라 산정한 소득세법상 가중평균액을 기준시가로 하여 이 사건 주식의 양도가액을 신고하는 것은 양도소득세의 부담을 부당하게 감소시키는 것이라는 취지로 주장하는바, 구 소득세법 시행령 제167조 제5항에서 “시행령 제167조 제3항 제1호의 ‘특수관계인에게 시가보다 낮은 가격으로 자산을 양도한 때’에 있어서 ‘시가’는 상속세 및 증여세법 제60조 내지 제64조와 동법 시행령 제49조 내지 제59조을 준용하여 평가한 가액에 의한다.”라는 취지로 규정 하고 있기는 하다(이와 관련하여 대법원 2020. 6. 18. 선고 2016두43411 전원합의체 판결은 소득세법상 양도소득에 대한 부당행위계산 부인의 적용에 있어 양도 당시 자산의 시가를 구 상속세 및 증여세법 제60조 내지 제64조의 규정 등을 준용하여 평가한 가액에 의하도록 한 구 소득세법 시행령 제167조 제5항이 법률의 위임 범위를 벗어난 것으로 볼 수 없다는 취지로 판시하였다). 그런데 이 사건 주식의 양도가액을 기준시가로 보고, 그 기준시가가 구 소득세법 시행령 제165조 제4항 제1호 단서에 따른 소득세법상 가중평균액으로 산정되어야 하는 것은 앞서 본 바와 같이 비상장주식의 교환거래에 있어서의 양도가액에 관한 관련 법령의 해석 및 관련 법리에서 기인한 결과이지, 이 사건 교환계약이 특수관계인들 사이에서 이루어졌기 때문이 아니다. 즉, 특수관계가 없는 거래당사자 사이에서 실지거래가액이 확인되지 않는 비상장주식의 교환거래가 이루어질 경우에도 이 사건과 마찬가지로 구 소득세법 시행령 제165조 제4항 제1호 단서에 따른 소득세법상 가중평균액으로 양도하는 비상장주식의 기준시가를 산정하고 이를 양도소득세 산정에 있어서의 양도가액으로 보아야 한다. 피고의 위 주장대로라면, 특수관계인 사이에서 자산총액 중 100분의 80 이상이 부동산인 비상장법인의 주식을 교환거래를 통해 양도하는 경우 관련 법령에 따라 소득세법상 가중평균액을 양도하는 비상장주식의 기준시가로 산정한 후 이를 양도가액으로 하여 적법하게 양도소득세 신고를 하더라도 양도하는 비상장주식의 상증세법상 순자산가치와의 차액이 발생하면 언제나 양도소득세의 부담을 부당하게 감소시킨 것에 해당하여 부당행위계산부인의 대상이 된다는 결과가 되는데, 이는 앞서 살펴본 비상장주식의 교환거래에 있어서의 소득세법상 양도가액에 관한 법령의 해석과 관련 법리와도 모순될 뿐만 아니라, 부당행위계산부인 규정의 취지를 넘어서는 것으로서 받아들이기 어렵다.

③ 결국 이 사건과 같이 실지거래가액을 확인할 수 없는 비상장주식의 교환거래의 경우 소득세법상 가중평균액으로 양도하는 비상장주식의 기준시가를 산정하여 이를 양도가액으로 보아 양도소득세를 부과하여야 하고, 이러한 기준시가와 양도하는 비상장주식의 상증세법상 순자산가치와 사이에 차액이 발생하더라도 양도소득세의 부담을 부당하게 감소시켰음을 전제로 한 부당행위계산부인의 대상은 되지 않는다고 봄이 타당하다.

④ 한편 위 대법원 2020. 6. 18. 선고 2016두43411 전원합의체 판결은 구 상속세 및 증여세법 제63조 제3항의 ‘최대주주 등’에 속하는 개인이 상장주식을 특수관계인에게 매도한 경우에 소득세법상 양도소득에 관한 부당행위계산 부인의 대상이 되는지 여부가 문제된 사안에 관한 것으로서, 거래당사자들이 정한 실지거래가액이 상속세 및 증여세법 시행령상의 상장주식 평가가액보다 낮은 경우 양도소득에 관한 부당행위계산 부인의 대상이 될 수 있다고 판시하였는바, 이는 상장주식 매매거래에서 실지거래가액이 확인되는 경우로서 상장주식 양도인이 지급받는 매매대금이 명확하여 그 매매대금과 시가와의 차이를 확인할 수 있는 경우이므로, 실지거래가액을 확인할 수 없는 비상장주식에 관한 교환거래여서 그 양도소득을 계산함에 있어 양도인이 지급받는 대가를기준으로 하는 것이 아니라 법령에서 정한 바에 따라 양도하는 비상장주식의 기준시가를 양도가액으로 보아야 하되, 그 기준시가의 산정기준이 소득세법 시행령과 상속세 및 증여세법 시행령 중 무엇인지가 문제된 이 사건과는 사안을 달리하여 이를 그대로 원용하기 어렵다.