중복공제가 되지 않는 세액공제와 세액감면의 적용 방법

 

조세특례제한법 127조 제4항에서는 중복공제가 되지 않는 세액공제와 세액감면에 대해 규정하고 있습니다.

 

조세특례제한법 127조 [중복지원의 배제]
④ 내국인이 동일한 과세연도에 제6조, 제7조, 제12조의2, 제31조 제4항ㆍ제5항, 제32조 제4항, 제33조의2, 제62조 제4항, 제63조, 제63조의2 제2항, 제64조, 제66조부터 제68조까지, 제85조의6 제1항ㆍ제2항, 제99조의11 제1항, 제104조의24 제1항, 제121조의8 , 제121조의9 제2항, 제121조의17 제2항, 제121조의20 제2항, 제121조의21 제2항 및 제121조의22 제2항에 따라 소득세 또는 법인세가 감면되는 경우와 제5조, 제8조의3, 제13조의2, 제25조, 제25조의4부터 제25조의7까지, 제26조, 제30조의4(제7조와 동시에 적용되는 경우는 제외한다), 제104조의14, 제104조의15, 제104조의18 제2항, 제104조의22, 제104조의25, 제122조의4 제1항 및 제126조의7 제8항에 따라 소득세 또는 법인세가 공제되는 경우를 동시에 적용받을 수 있는 경우에는 그 중 하나만을 선택하여 적용받을 수 있다. 다만, 제6조 제7항에 따라 소득세 또는 법인세를 감면받는 경우에는 제29조의7을 동시에 적용하지 아니한다.(2020.03.23 개정)

 

이 때, 위 법문에서 말하는 "하나만을 선택하여 적용받을 수 있다"의 정확한 의미를 알아야합니다.

 

"하나만 선택하여 적용받을 수 있다"는 건 이런 말입니다.

 

① (중복적용이 배제되는 것이면)세액감면을 적용 받고 세액공제도 "발생"시켜 "이월"하여 적용 받을 수 없습니다.

② (중복적용이 배제되는 것이라도)전기에 "발생"하여 "이월된" 세액공제는 세액감면과 동시에 적용받을 수 있습니다.

 

구체적인 사례에 대한 유권해석을 살펴보겠습니다.

 

① 세액감면을 적용 받고 세액공제도 "발생"시켜 "이월"하여 적용 받을 수 없습니다.

 

[국세청 고객만족센터 상담사례집(법인세 분야), 2014. 09.]

 

문의내용

당기 중소기업특별세액감면 금액 3천만원

당기 고용창출투자세액공제 금액 2천만원

중복적용이 불가능하기 때문에 당기에 중소감면 3천만원 적용하고

고용창출투자세액공제 2천만원은 세액공제 신청서를 제출하고

차기로 이월시켜 내년에 적용받을 수 있는 것인지요?

 

답변

조세특례제한법 제144조의 규정에 의한 세액공제액의 이월공제는 당해 사업연도의 납부세액이 없거나 최저한세의 적용으로 공제받지 못한 세액공제액에 한하며,

중복지원의 배제 규정으로 인하여 공제받지 못한 세액공제액에 대하여는 적용되지 아니 하는 것으로

귀 질의의 경우 상담원의 견해로는 동일한 사업연도에 발생한 중소기업특별세액감면과 투자세액 공제는 중복지원이 되지 아니하므로 세액감면을 받을 경우 투자세액공제는 다음 사업연도로 이월하여 공제 받을 수 없을 것으로 보입니다.

아래에 관련 법령을 붙여 드리니 참고하시기 바랍니다.

 

* 조세특례제한법 제127조 【중복지원의 배제】

(생략)

 

* (서면2팀-1499, 2005.09.20)

법인이 동일한 과세연도에 「조세특례제한법」제7조의 중소기업특별세액감면과 같은법 제26조의 임시투자세액공제가 동시에 적용되는 경우 「조세특례제한법」제127조 제4항의 규정에 의하여 그 중 하나만을 선택하여 적용 받아야 하는 것으로, 귀 질의의 경우와 같이 중소기업특별세액감면을 적용 받고 임시투자세액공제를 이월하여 적용 받을 수 없는 것임.

 

[국세청 조세특례제한 제도 해설, 2008. 01.]

 

□ 중복적용 배제된 투자세액공제의 이월공제 가능여부

 

- 감면법인이 감면기간 중 투자세액공제 적용을 배제당한 경우 당해 투자 세액공제액은 조특법§144 규정에 의한 이월공제가 인정되지 않음 (법인22601-4646, '89.12.20)

 

- 이월공제액은 납부세액이 없거나 최저한세의 적용으로 공제받지 못한 세액공제액에 한하며, 중복지원의 배제 규정으로 인하여 공제받지 못한 세액공제액은 이월하여 다음 사업연도에 공제받을 수 있는 것이 아님

 

② 전기에 "발생"하여 "이월된" 세액공제는 세액감면과 동시에 적용받을 수 있습니다.

 

[국세청 조세특례제한 제도 해설, 2008. 01.]

 

□ 최저한세 적용으로 이월된 세액공제액과 세액감면의 중복적용 여부

 - 직전사업연도에 최저한세 적용 등으로 임시투자세액공제액이 이월된 경우 당해 사업연도의 세액감면과 중복 적용받을 수 있음 (서면2팀-388, '04.3.5외)

- 이 경우 이월된 투자세액공제를 최저한세의 범위내에서 먼저 적용함 (재조예-112, '05.2.5 및 서면2팀-2152, '05.12.22)

 

[법인세과-1085, 2009.09.30]

 

「조세특례제한법」 제127조 제4항의 규정을 적용함에 있어서 같은법 제26조의 규정에 의한 임시투자세액공제액이 발생되었으나 최저한세의 적용으로 인하여 이월된 공제세액이 있는 사업연도에는 동 이월공제세액과 같은법 제7조의 중소기업에 대한 특별세액감면은 중복하여 적용받을 수 있는 것입니다.

 

[서면2팀-2152, 2005.12.22]

 

【질의】

 

(사실관계)

 

o 조세특례제한법 제132조에 의한 최저한세 적용으로 공제기간 내에 있는 임시투자세액 미공제 이월액이 있는 중소제조업체가 2004년 결산시 같은법 제127조 제4항에 의하여 중복공제가 되지 않는 것으로 착각하여 같은법 제7조에 의한 ‘중소기업에 대한 특별세액 감면’만 적용하였으나 뒤늦게 임시투자세액공제 이월분과 중소기업특별세액 감면의 중복적용이 허용됨을 알게 됨.

 

(질의내용)

 

o 당 법인의 2004사업연도 법인세 신고시 최저한세 한도까지 임시투자세액공제를 받지 못한 경우 착오로 공제받지 아니한 미공제 이월 임시투자세액은 2005사업연도에 범위 내에서 공제가 가능한지.

2004사업연도 법인세 신고서를 국세기본법 제45조의 2에 의한 경정청구가 가능한지 여부

 

【회신】

 

귀 질의의 경우와 같이 임시투자세액공제의 이월분과 중소기업투자세액감면이 중복되는 중소기업이 임시투자세액공제를 적용받지 아니하고 2004사업연도 법인세 신고를 한 경우에는 「국세기본법」 제45조의 2의 규정에 의하여 경정청구를 할 수 있는 것이며, 이월된 세액공제액을 최저한세 범위 내에서 먼저 공제한 후 2005사업연도에 발생된 세액을 공제하여 납부할 법인세액 및 이월된 세액공제액을 계산하는 것임.