주식매수선택권 행사 세무처리 정리

 

1.일반법인 임직원이 주식매수선택권을 행사한 경우 : 원칙 

 

(1) 임직원이 당해 법인 등에서 근무하는 기간 중 주식매수선택권을 행사한 경우

 

법인의 임원 또는 종업원이 당해 법인 또는 당해 법인과 법인세법 시행령 제87조의 규정에 의한 특수관계에 있는 법인으로부터 부여 받은 주식매수선택권을 당해 법인 등에서 근무하는 기간 중 다음과 같이 행사함으로써 얻은 이익(행사이익)은 근로소득으로 보아 소득세를 과세

 

행사이익=주식매수선택권 행사 당시의 시가-실제 매수가액

 

(*)주식매수선택권의 행사일은 주식매수선택권을 부여받은 종업원 등이 법인 등에게 주식매수선택권의 행사를 청구한 날을 말하는 것이며,당해 주식을 교부하는 때에 원천징수한다(서 면인터넷방문상담1팀-431, 2008.03.28).

 

(2) 주식매수선택권을 퇴직 후에 행사하는 경우

 

법인의 임원 또는 종업원이 퇴직 전에 부여 받은 주식매수선택권을 퇴직 후에 행사하거나 고용관계 없이 주식매수선택권을 부여받아 이를 행사함으로써 얻는 이익은 기타소득으로 보아 소득세를 과세

 

2.벤처기업 주식매수선택권 행사이익 비과세 특례(조특법 제16조의2) – 2018년 신설조항으로서 2018년1월1일 이후 부여한 주식매수선택권부터 적용

 

조세특례제한법 제16조의 2【벤처기업 주식매수선택권 행사이익 비과세 특례】


  ① 벤처기업의 임원 또는 종업원(이하 이 조 및 제16조의 3에서 “벤처기업 임원 등”이라 한다)이 해당 벤처기업으로부터 2021년 12월 31일 이전에「벤처기업육성에 관한 특별조치법」제16조의 3에 따라 부여받은 주식매수선택권 및「상법」제340조의 2 또는 제542조의 3에 따라 부여받은 주식매수선택권(코넥스상장기업으로부터 부여받은 경우로 한정한다)을 행사(벤처기업 임원 등으로서 부여받은 주식매수선택권을 퇴직 후 행사하는 경우를 포함한다)함으로써 얻은 이익(주식매수선택권 행사 당시의 시가와 실제 매수가액과의 차액을 말하며, 주식에는 신주인수권을 포함한다. 이하 이 조부터 제16조의 4까지 “벤처기업 주식매수선택권 행사이익”이라 한다) 중 연간
 3천만원 이내의 금액에 대해서는 소득세를 과세하지 아니한다. (2019.12.31. 개정)

 ② 제1항을 적용하는 경우 특례 신청절차, 그 밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. (2018.12.24. 신설)

 

3.벤처기업 주식매수선택권 행사이익에 대한 소득세 납부특례(조특법 제 16 조의3)

 

- 주식을 교부하는 때 원천징수제외 

- 종합소득세 신고 및 납부( 분할납부 세액 제외) 

- 주식 매수 선택권 행사한 날이 속하는 과세기간의 다음 4개 연도 : 확정 신고 시 분할 납부세액 납부 

(1) 소득세 납부특례의 내용

 

벤처기업 임원 등이 2021 년 12 월 31 일 이전에 부여받은 주식매수선택권을 행사함으로써 발생한 벤처기업 주식매수선택권 행사이익(제 16조의2에 따라 비과세되는 2 천만원 이내의 금액은 제외한다)에 대한 소득세는 다음 각 호에 따라 납 부할 수 있음. 다만, 주식 매수선택권의 행사가격과 시가와의 차액을 현금으로 교부 받는 경우에는 그러하지 아니함.

 

① 원천징수 제외

 

주식매수선택권 을 행사함으로써 얻은 이익에 대하여 벤처기업 임원 등이 원천징수의무자에게 납부특례의 적용을 신청하는 경우 소득세법 제 127조, 제 134조 및 제 145조에도 불구하고 소득세를 원천징수 하지 않음.

 

② 종합소득 과세표준 신고시 특례

 

위의 ①에 따라 원천징수를 하지 아니한 경우 벤처기업 임원 등은 주식매수선택권을 행사한 날이 속하는 과세기간의 종합소득금액에 대한 소득세법 제 70 조 및 제 76 조에 따른 종합소득 과세표준 확정신고 및 확정신고납부시 주 식 매 수 선 택 권 을 행 사 함 으 로 써 얻은 이익을 포함하여 종합소득 과세표준 을 신고하되, 주식매수선택권을 행사함으로써 얻은 이익에 관련한 소득세액으로서 대통령령으로 정하는 금액*의 5 분의 4 에 해당하는 금액은 제외하고 납부할 수
있음.

 

(*)“대통령령으로 정하는 금액”이란 해당 과세기 간의 결정세액에서 해당 과세기간의 종합소득금액 중 주식매수선택권 을 행사함으로써 얻은이익에 따른 소득금액을 제외하여 산출한 결정세액을 뺀 금액을 말한다.

 

③ 분할 납부세액의 납부

위의 ②에 따라 소득세를 납부한 경우 벤처기업임원 등은 주식매수선택권을 행사한 날이 속하는 과세기간의 다음 4 개 연도의 소득세법 제 70 조 및 제 76 조에 따른 종합소득과세표준확정신고 및 확정신고납부 시 분할납부세액의4분의1에 해당하는 금액을 각각 납부하여야 함.

 

(2) 납부 특례 배제

주식매수선택권의 행사가격과 시가와의 차액을 현금으로 교부받는 경우에는 주식매수선택권 행사이익 납부특례를 적용할 수 없음.

(3) 납부특례 절차

① 벤처기업 주식매수선택권 행사이익 납부 특례적용신청서 제출(원천징수의무자)

 

납부특례에 따라 소득세를 납부하려는 벤처기업의 임원 또는 종업원(이하 “벤처기업 임원 등”)은 주식매수선택권을 행사한 날이 속하는 달의 다음 달5일까지 벤처기업 주식매수선택권 행사이익 납부 특례적용신청서(조세특례제한법 시행규칙[별지 제6호의2서식])를 원천징수의무자에게 제출하여야 함.

② 벤처기업 주식매수선택권 행사이익 납부 특례적용대상명세서 제출(원천징수 관할 세무서 장)

 

특례적용신청서를 제출받은 원천징수의무자는 벤처기업 주식매수선택권 행사이익 납부 특례 적용대상명세서(조세특례제한법 시행규칙[별지 제6호의3서식])를 주식매수선택권을 행사한 날이 속하는 달의 다음 달10일까지 원천징수 관할 세무서장에게 제출하여야 함.

 

③ 벤처기업 임원 등 특례적용신청서의 사본 제출(납세지 관할 세무서장)

 

특례적용신청서를 제출한 벤처기업 임원 등은 주식매수선택권을 행사한 날이 속하는 과세기간의 종합소득금액에 대한 소득세법 제70조에 따른 종합소득과세표준 확정신고를 할 때 특례적용신청서의 사본을 납세지 관할 세무서장에게 제출하여야 함.

 

4.벤처기업주식매수선택권(적격주식매수선택권)행사이익에 대한 소득세 과세특례(조특법 제 16조의4)

 

-주식을 교부하는 때 원천징수 제외 

-적격주식매수선택권 행사로 인하여 지급받는 주식의 양도시점에서 양도소득세 납부 

-주식매수선택권의 행사에 따라 발생하는 비용 손금불산입

 

법인이 임원 또는 사용인에게 세법으로 정하는 주식매수청구권을 부여하거나 주식기준보상 비용을 법인의 사업연도의 결산상 손금으로 지급하거나 이익잉여금의 처분으로 지급하는 경우, 통상적인 경우 동 주식기준보상비용 등(이하 ‘적격주식매수선택권’)을 소득세법 제20조 또는 제21조에 따라 해당 임원 또는 사용인의 근로소득에 포함하여 소득세에 대한 원천징수를 하게 됨.

 

하지만 정부에서는 벤처기업을 육성하기 위하여 벤처기업에 재직하는 임원 또는 사용인이 적격주식매수선택권을 행사(퇴직 후 행사분 포함)함으로서 얻은 이익(주식매수청구권 행사 당시의 시가와 실제매수가액과의 차액을 말하며 주식에는 신주인수권을 포함)에 대해서 소득세법 제94조 제1항 제3호 각 목에도 불구하고, 추후 양도하는 경우 양도소득세를 납부한다는 내용이 담긴 특례적용신청서를 관할 세무서장에게 신청하는 경우에는 소득세법 제20조 또는 제21조에도 불구하 고 소득세를 과세하지 아니하는 조세특례규정을 두고 있음.

 

그러나 이 경우는 해당 주식매수청구권의 행사에 따라 발생하는 비용은 법인세법 제19조,제 20조 및 제52조에도 불구하고 해당 벤처기업의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 때 손금에 산입하지 아니함.

 

(1) 과세특례 신청이 가능한 벤처기업 임직원

 

‘벤처기업의 임원 또는 사용인’이란 벤처기업육성에 관한 특별조치법 제16조의3제1항에 따 라 주식매수선택권이 부여된 임원 또는 사용인(벤처기업육성에 관한 특별조치법 제16조의3 제1항에 따른 결의가 있는 날 현재 다음 각 항의 어느 하나에 해당하는 자는 제외)을 말함.

① 부여받은 주식매수선택권을 모두 행사하는 경우 해당 법인의 발행주식 총수의100분의 10을 초과하여 보유하게 되는 자

② 해당 법인의 주주로서 법인세법 시행령 제43조 제7항에 따른 지배주주등에 해당하는 자

③ 해당 법인의 발행주식 총수의100분의10을 초과하여 보유하는 주주

④ ③의 주주와 국세기본법 시행령 제1조의2제1항 및 같은 조 제3항 제1호에 따른 친족관계 또는 경영지배관계에 있는 자

(2) 주식매수선택권의 요건

 

주식매수선택권 행사이익에 대한 과세특례 적용 대상 주식매수선택권은 다음의 요건을 갖춘 주식매수선택권임. 

 

① 벤처기업육성에 관한 특별조치법 제16조의3에 따른 주식매수선택권으로서 다음의 요건을 갖출 것

 

-벤처기업이 주식매수선택권을 부여하기 전에 주식매수선택권의 수량ㆍ매수가액ㆍ대상자 및 기간 등에 관하여 주주총회의 결의를 거쳐 벤처기업 임직원과 약정할 것
-위 요건에 따른 주식매수선택권을 다른 사람에게 양도할 수 없을 것
-주식매수선택권을 부여받은 벤처기업 임직원이 사망 또는 정년을 초과하거나 그 밖에 자신 에게 책임 없는 사유로 퇴임 또는 퇴직한 경우를 제외하고는 벤처기업육성에 관한 특별조치법 제16조의3 제1항에 따른 주주총회의 결의가 있는 날부터2년 이상 해당 법인에 재임 또는 재직한 후에 주식매수선택권을 행사할 것

② 해당 벤처기업으로부터 부여받은 주식매수선택권의 연간 행사가액의 합계가1억원 이하일 것

(3) 해당 주식 양도하는 경우 양도소득세 과세

적격주식매수선택권 행사시 소득세를 과세하지 아니한 경우 적격주식매수선택권 행사에 따라 취득한 주식(해당 주식의 보유를 원인으로 해당 벤처기업의 잉여금을 자본에 전입함에 따 라 무상으로 취득한 주식 포함)을 양도하여 발생하는 양도소득에 대해서는 소득세법 제94조 제1항 제3호 본문 외의 각 목에도 불구하고 주식 등에 해당하는 것으로 보아 양도소득세를 과세함.

 

① 취득가액

 

양도소득세를 과세하는 경우 소득세법 제97조 제1항 제1호에 따른 취득가액 = 적격주식매수선택권 행사 당시의 실제 매수가액

 

② 적격주식매수선택권 행사로 취득한 주식을 증여하거나 행사일로부터1년이 지나기 전에 처분하는 경우

 

벤처기업 임직원이 적격주식매수선택권 행사로 취득한 주식을 증여하거나 행사일로부터 1년이 지나기 전에 처분하는 경우 소득세법 제20조(근로소득)또는 제21조(기타소득)에 따라 소득세로 과세하며, 이 경우 소득의 귀속시기는 주식의 증여일 또는 처분일이 속하는 과세연도로 한다. 다만, 해당 벤처기업의 파산 등 다음의 부득이한 사유가 있는 경우에는 그러하지 아니하다.

-주식매수선택권을 부여한 벤처기업이 파산하는 경우
-채무자 회생 및 파산에 관한 법률에 따른 회생절차에 따라 법원의 허가를 받아 주식을 처 분하는 경우
-합병ㆍ분할 등에 따라 해당 법인의 주식을 처분하고 합병법인 또는 분할신설법인의 신주를 지급받는 경우

③ 양도소득세를 납부하는 경우

양도소득세를 납부하려는 벤처기업 임직원은 소득세법 제105조 및 제110조에 따라 양도소득 과세표준을 신고하는 경우 특례적용신청서 제출에 대하여 해당 벤처기업이 발급하는 특례신청확인서를 납세지 관할 세무서장에게 제출하여야 함.

 

(4) 소득세 과세특례 적용 신청 절차

벤처기업 임직원이 주식매수선택권 전용계좌를 자본시장과 금융투자업에 관한 법률 제8조 제1항에 따른 금융투자업자(이하 “금융투자업자”)를 통해 개설하고,기획재정부령으로 정하는 주식매수선택권 전용계좌개설확인서(조세특례제한법 시행규칙[별지 제6호의5서식])와 함께 기획재정부령으로 정하는 특례적용신청서(조세특례제한법 시행규칙[별지 제6호의4서식])를 주식매수선택권 행사일 전까지 당해 벤처기업에 제출하여야 함.

한편 주식매수선택권 전용계좌는 다음의 요건을 모두 충족하여야 함.

① 벤처기업 임직원 본인의 명의로 개설할 것
② 자본시장과 금융투자업에 관한 법률 제8조 제1항에 따른 금융투자업자가 벤처기업 임직원의 다른 매매거래계좌와 구분하여 주식매수선택권전용계좌의 명칭으로 별도로 개설ㆍ관리 할 것
③ 주식매수선택권 행사로 취득한 주식만을 거래할 것
④ 계좌 개설 이후1개월 내 주식이 입고되지 아니할 경우에는 해당 계좌를 폐쇄하는 내용 으로 사전에 약정할 것

 

(5) 주식매수선택권의 행사에 따라 발생하는 비용 손금불산입

 

소득세를 과세하지 아니한 경우*에는 해당 주식매수선택권의 행사에 따라 발생하는 비용으로서 약정된 주식매수시기에 약정된 주식의 매수가액과 시가의 차이를 법인세법 제19조,제20조 및 제52조에도 불구하고 해당 벤처기업의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 때 손금에 산입하지 아니함.

 

(*)적격주식매수선택권 행사 이후 취득한 주식을 증여하거나 행사일로부터1년이 지나기 전에 처분하여 소득세를 과세한 경우를 포함한다.

 

※벤처기업육성에 관한 특별조치법 제16조의3 및 이하 명령