농특세 과세대상 세액공제 신청에 따라 경정청구를 하는 경우, 추가로 납부하는 농특세에 대해 납부불성실 가산세가 부과되는지

 

법인세와 농어촌특별세가 별개의 세목이라 하더라도 농어촌특별세는 법인세의 부가세로서 청구법인이 법인세를 과다하게 납부함으로 인하여 농어촌특별세가 과소하게 납부된 것이므로 서로 밀접한 관계가 있는 점, 납세자가 이미 국가에 납부한 법인세액은 세목을 달리하여 납부되었다 하더라도 처분청이 변경하여 과세하는 농어촌특별세의 기납부세액으로 보아 납부불성실가산세를 부과하지 않는 것이 합리적인 점 등에 비추어 처분청이 농어촌특별세에 납부불성실가산세를 가산하여 과세한 처분은 잘못이 있는 것으로 판단됨(조심 2017서3110, 2017. 09. 14.).

 

 

(1) 청구법인의 경정청구서 및 처분청의 검토복명서 등에 나타나는 이 건 과세내역은 다음과 같음.

청구법인이 제출한 2013사업연도 경정청구서에 의하면, 청구법인은 2013. 1. 1. 이후 개시하는 사업연도부터 ‘경비 및 경호서비스업’이 조세특례제한법 제26조의 고용창출투자세액공제 적용대상 업종에 해당된다는 사실을 인지하지 못하여 2013사업연도 법인세 신고 시 세액공제를 신청하지 못했다며 법인세 736,359,690원의 환급을 구하는 것으로 기재되어 있고, 법인세의 감면에 따라 2013사업연도 농어촌특별세 147,271,930원을 추가 납부할 세액으로 하여 수정신고서를 제출한 것으로 나타남.

처분청의 경정청구 검토복명서(2017. 3. 7.)에 의하면, 처분청은 청구법인의 경정청구 내용을 검토한 결과 수도권과밀억제권역외 사업용자산 투자내역 및 상시근로자수 증가내역이 확인되는 등 공제대상 금액 1,279백만원 및 환급세액 736백만원이 적정하게 신청한 것으로 확인되어 환급결정을 한다고 기재되어 있음.

처분청은 2013사업연도 법인세 736,359,690원을 환급결정하는 한편, 청구법인이 수정신고한 후 무납부한 농어촌특별세에 납부불성실가산세 47,406,830원을 가산하여 경정결의하고, 환급할 법인세액에서 충당하였음.

(2) 처분청이 제출한 국세환급금 충당통지서 및 농어촌특별세 결의서에 의하면, 경정청구한 법인세 736,359,690원을 환급하면서 환금가산금 2,169,260원(경정청구일부터 환급일까지의 기간에 연 1천분의 18의 이자율을 적용)을 가산하였고, 농어촌특별세는 수정신고한 본세 147,271,930원에 신고불성실가산세는 적용하지 아니하되, 납부불성실가산세 47,406,830원을 가산(법인세 신고기한 다음날부터 1일 1만분의 3의 이자율을 적용)하여 환급할 법인세액에서 충당한 것으로 나타남.

(3) 2011. 12. 31. 법률 제11124호로 개정되고, 2012. 1. 1. 이후 최초로 개시하는 과세기간분부터 시행되는 국세기본법 제47조의2 및 제47조의3의 개정내용에 의하면, 무신고가산세 및 과소신고가산세의 적용에 있어 농어촌특별세법에 따른 신고는 제외하는 것으로 명시하고 있는데, 국세청이 발간한 2012년 개정세법 해설에서는 부가세목(Surtax)으로서의 특성을 감안하여 가산세 체계를 단순화하고 납세자의 가산세 부담을 완화하기 위한 것임을 개정사유로 밝히고 있음.

(4) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 처분청은 경정청구를 통하여 본세인 법인세를 감면받으면서 당초 납부하지 아니한 농어촌특별세를 납부하게 되는 경우 납부불성실가산세를 적용하여야 한다는 의견이나, 법인세와 농어촌특별세가 별개의 세목이라 하더라도 농어촌특별세는 법인세의 부가세로서 청구법인이 법인세를 과다하게 납부함으로 인하여 농어촌특별세가 과소하게 납부된 것이므로 서로 밀접한 관계가 있는 점, 납세자가 이미 국가에 납부한 법인세액은 세목을 달리하여 납부되었다 하더라도 처분청이 변경하여 과세하는 농어촌특별세의 기납부세액으로 보아 납부불성실가산세를 부과하지 않는 것이 합리적인 점 등에 비추어 처분청이 농어촌특별세에 납부불성실가산세를 가산하여 과세한 처분은 잘못이 있는 것으로 판단됨(조심 2014전764,2014. 4. 24. 같은 뜻임).

다만, 별론으로 처분청은 청구법인의 2013사업연도 법인세 736,359,690원을 환급하면서 국세환급가산금을 가산하였으나, 가산한 국세환급가산금에는 농어촌특별세의 기납부세액으로 인정받은 금액 147,271,938원에 상당하는 국세환급가산금이 포함되어 있으므로 이를 차감하여 국세환급가산금을 경정하는 것이 타당하다고 판단됨