법인세 신고시 오류 검토 사항

[출처] 택스넷, http://www.taxnet.co.kr/sub/silmu/haesul/haesul_View.asp?nN=3&sN=1&pN=1&num=8365&strSearchWord=%BA%B8%C1%B6%B1%DD%20%BC%BC%BE%D7%B0%F8%C1%A6&sangdamGubun=

 

법인세를 신고한 후 오류나 탈루가 적발되어 법인세를 추징당하는 경우가 있다. 이번 원고에서는 법인세 신고시 자주 발생하는 오류사항에 대하여 집중 분석하려고 한다. 법인세를 신고하기 전에 여기에 해당하는 오류가 있는지를 검토해서 법인세 신고에 오류가 발생하지 않도록 하여야 할 것이다.

 

중소기업의 판정

구 분	상 황	수정내용
중소기업 판정기준 매출액	중소기업 판정시 중소기업기본법 시행령 제7조 제2항에 따라 직전 3개 사업연도의 평균매출액으로 중소기업 여부를 판정함.	조세특례제한법의 중소기업을 판정하는 경우에는 해당 사업연도의 매출액을 사용해야 함(조특령 2조 1항 1호). 따라서 2019 사업연도에는 2019년의 매출액을 기준으로 중소기업 여부를 판정해야 하므로 직전 3개 사업연도의 평균매출액으로 중소기업을 판정하면 안 됨.
중소기업 유예배제	2017.4.1.에 설립된 법인의 2019년 매출액이 중소기업기준을 초과함에 따라 중소기업유예규정을 적용하여 2019년과 그 후 3년간 중소기업으로 봄.	창업일이 속하는 과세연도 종료일부터 2년 이내의 과세연도 종료일 현재 중소기업기준을 초과하는 경우는 유예배제사유*에 해당하므로(조특령 2조 2항 4호) 2019년부터 중소기업이 아님.
중소기업 유예중단	내국법인이 2018년에 매출액이 중소기업의 규모기준을 초과하여 2018년부터 2021년까지 중소기업의 유예를 적용 받게 됨. 그런데, 2019년 중에 자산총액 5천억 이상이 되는 기업이 해당 내국법인의 주식을 60%를 취득하여 최대주주가 되었으나 2019년에도 유예가 적용되는 것으로 보았음.	유예기간 중에 있는 기업이 유예배제사유*가 발생한 경우 사유가 발생한 날(ⓛ의 유예기간 중에 있는 기업이 중소기업과 합병하는 경우에는 합병일로 한다)이 속하는 과세연도부터 유예기간을 적용하지 아니함.
관계기업의 판정기준일	외부감사대상법인은 2019년 중에 설립된 자회사에 대하여 직전 사업연도말 현재 관계기업이 아니므로 관계기업규정을 적용하지 아니하고 개별기업의 매출액을 기준으로 중소기업에 해당한다고 판단함.	중소기업기본법은 직전 사업연도말을 기준으로 관계기업을 판단하나, 조세특례제한법은 ‘당해 과세연도 종료일’ 기준으로 관계기업을 판단함(조특칙 2조 8항).

* 중소기업 유예배제사유(조특령 2조 2항)
ⓛ 「중소기업기본법」의 규정에 의한 중소기업외의 기업과 합병하는 경우
② 유예기간 중에 있는 기업과 합병하는 경우
③ 제1항 제3호(관계기업 규정은 제외)의 요건을 갖추지 못하게 되는 경우
④ 창업일이 속하는 과세연도 종료일부터 2년 이내의 과세연도 종료일 현재 중소기업기준을 초과하는 경우

 

익금과 익금불산입

수입배당금액 익금불산입

구 분	상 황	수정내용
배당기준일 전 3개월 이내 취득한 주식	2019.11.1.에 주식을 취득하고 2019. 12.31.을 배당기준일로 하여 받은 배당금에 대한 수입배당금액 익금불산입액을 세무조정으로 익금불산입함.	배당기준일부터 3개월 이내에 취득한 주식은 수입배당금 익금불산입을 적용할 수 없음(법법 18조의 3 2항).
투자회사로부터의 수입배당금액	지급배당소득공제를 적용받는 투자목적회사로부터 받은 배당금에 대하여 수입배당금 익금불산입액을 세무조정함.	법인세법 법 제51조의 2의 규정을 적용받는 법인으로부터 받은 수입배당금액은 익금불산입할 수 없음(법법 18조의 3 2항).
현물출자받은 주식	2018년에 정부로부터 현물출자받은 주식에서 2019.3.1.에 주주총회에서 배당을 결의함에 따라 수입배당금액에 발생하여 수입배당금액 익금불산입시 현물출자받은 주식의 장부가액으로 지급이자 차감액을 계산함.	국가 및 지방자치단체로부터 현물출자받은 주식의 경우에는 2019.2. 12. 이후 배당받는 분부터 지급이자 차감액 계산시 주식의 장부가액에서 제외함(법령 17조의 2 3항).
의제배당	4년 전부터 보유하던 주식의 발행법인이 2019년에 이익준비금을 자본전입함에 따라 무상주를 받고 기업회계기준에 따라 수익으로 계상하지 아니하고, 세무조정도 하지 않음.	무상주의 액면가액을 의제배당으로 익금산입하고, 수입배당금액 익금불산입에 대한 세무조정을 해야 함.

 

손금과 손금불산입

 

인건비

구 분	상 황	수정내용
임원상여금	법인이 급여지급기준에 의하여 지급하는 금액을 초과하여 임원상여금을 지급하고 비용으로 처리함.	임원상여금 중 정관ㆍ주주총회ㆍ사원총회 또는 이사회의 결의에 의하여 결정된 급여지급기준의 한도액을 초과하는 금액은 손금불산입함(법령 43조 2항).
임원에 대한 퇴직위로금	법인의 임원 퇴직시 임원퇴직급여지급규정에 따라 퇴직급여를 지급하고 임원퇴직급여지급규정에는 없으나 퇴직위로금을 추가로 지급하고 비용으로 처리함.	정관이나 정관의 위임에 따라 주주총회에서 정한 임원퇴직급여 지급규정에 따른 한도액을 초과하는 금액은 손금에 산입하지 아니하므로(법령 44조 4항) 퇴직위로금을 손금불산입함.

 

대손금

구 분	상 황	수정내용
업무무관가지급금의 대손처리	퇴임한 대표이사에 대한 업무무관 가지급금을 대손금으로 비용으로 처리함.	특수관계인에 대한 업무무관가지급금은 대손금으로 손금산입할 수 없으므로(법법 19조의 2 1항 2호) 대손금을 손금불산입하여 상여*로 소득처분함(법기통 4-0…6).* 회수하지 아니한 것에 정당한 사유가 있거나 회수할 것임이 객관적으로 입증되는 경우에는 유보로 처분(법기통 4-0…6⑤)
적격분할시 승계받은 회수불능채권의 대손처리	분할신설법인이 분할법인으로부터 승계받은 회수불능 매출채권을 대손금으로 손금계상함.	분할시 대손요건을 갖춘 대손금을 분할등기일이 속하는 사업연도까지 손금으로 계상하지 아니한 경우에는 분할등기일이 속하는 사업연도의 손금으로 하므로(법령 19조의 2 4항) 대손금을 손금불산입으로 세무조정해야 함.

 

지급이자 손금불산입

구 분	상 황	수정내용
받을어음 할인료	업무무관자산 등 관련이자 계산 시 매각거래에 해당하는 받을어음에 대한 할인료를 지급이자에 포함하고 사채할인발행차금상각액은 제외함.	매각거래에 해당하는 받을어음할인료는 매출채권 처분손실이므로 지급이자에서 제외하고(법인46012-193, 1998.1.23.), 사채할인발행차금상각액은 지급이자이므로 지급이자에 포함함(법인세과22601-3304, 1988.11.5.).
구매자금대출이자	업무무관자산 등 관련이자 계산시 구매자금대출이자를 지급이자에 포함함.	업무무관자산등 관련이자 계산시 구매자금대출이자는 지급이자로 보지 않으므로 (법령 53조 4항 2호) 지급이자에서 제외함
비특수관계인 대여금	특수관계가 아닌 거래처에 대한 대여금을 업무무관자산 등 관련이자 계산에 포함함.	특수관계가 아닌 자에 대한 대여금은 지급이자 손금불산입대상이 아님(법법 28조 1항 4호 나목).

 

신주발행비

구 분	상 황	수정내용
신주발행비	증자시 등록면허세를 지출하고 비용으로 처리하였으나 이에 대한 세무조정을 하지 않음.	법인이 설립 후 증자로 인한 등기시 납부하는 등록세는 신주발행비임(서면인터넷방문상담2팀-1816, 2007.10.9.). 신주발행비는 주식할인발행차금이므로(법령 20조 3항) 손금불산입으로 세무조정을 해야 함

 

손익의 귀속시기

구 분	상 황	수정내용
손해배상금의 귀속시기	법원의 판결에 의하여 지급하는 손해배상금을 실제 지급일에 비용으로 처리함.	법원의 판결에 의하여 지급하거나 지급받는 손해배상금 등은 법원의 판결이 확정된 날이 속하는 사업연도의 손금에 산입함(법기통 40-71…20). ※ 국세청은 합의서와 판결문으로 손해배상금이 확정된 날을 확인할 수 있음
보험에 가입한 자산의 재해손실의 귀속시기	화재보험에 가입한 공장의 화재가 발생하여 보험금이 확정되지 않은 상태에서 재해손실을 비용으로 처리함.	화재보험에 가입되어 있는 자산이 소실된 경우 화재보험금의 지급이 확정된 사업연도에 재해손실을 손금으로 처리하므로(서면인터넷방문상담2팀-315, 2006.2.7.) 재해손실을 손금불산입하여야 함.
시행사의 작업진행률	시행사가 시공사가 청구한 공사비를 기준으로 작업진행률을 산정함.	시행사는 시공사의 지급한 도급금액에 시공사의 작업진행률을 곱한 금액에서 전기까지의 도급공사 관련 손금을 차감하여 손금을 계산함(사전-2015-법령해석법인-0037, 2015.7.16.). ※ 국세청은 시공사와 시행사의 작업진행률 계산내역을 대사하여 작업진행률의 적정성의 검토할 것임

 

유가증권

구 분	상 황	수정내용
유가증권저가매입	임원으로부터 유가증권을 시가보다 저가로 매입하였으나 실제 취득가액을 유가증권으로 회계처리하고 이에 대한 세무조정을 하지 않음.	임원은 특수관계인 개인에 해당함(법령 2조 5항). 특수관계인 개인으로부터 유가증권을 시가보다 저가로 매입한 경우에는 시가와 매입가액의 차액을 익금산입함(법법 15조 2항 1호).
현물출자로 취득한 주식의 취득가액	회사는 특수관계인 법인에게 유형자산을 현물출자하고 현물출자한 유형자산의 감정가액으로 주식가액을 계상하고 유형자산처분손실을 인식함.	현물출자에 따라 취득한 주식의 취득가액은 취득 당시의 주식의 시가이므로(법령 72조 2항 3호 나목) 장부상 계상한 주식의 취득가액과 시가와의 차액에 대하여 세무조정해야 함.
장기투자증권 손상차손	피투자법인이 단순 폐업 등 회생불능 상태이므로 투자주식에 대한 감액손실을 계상하였으나 이에 대한 세무조정을 하지 않음.	투자목적 등으로 취득 보유한 다른 법인 주식의 시가 하락에 대한 평가감은 발행법인의 부도 또는 채무자의 회생 및 파산에 관한 법률에 따른 파산 등의 경우의 사유가 있어야 하므로(법법 42조 3항) 감액손실을 손금불산입으로 세무조정하여야 함.
지분법 평가	법인이 지분법 적용 투자주식에 대한 지분법평가이익과 배당금수익을 지분법에 따라 투자주식에서 차감함.	법인세법은 지분법을 인정하지 않으므로(법령 75조) 지분법 평가이익을 익금불산입하고, 지분법 적용 피투자회사로부터 수령한 배당금을 익금산입한 후 수입배당금액 익금불산입에 대한 세무조정을 해야 함.

 

유형자산 및 무형자산

구 분	상 황	수정내용
재평가 모형	법인세 신고시 국제회계기준(IFRS)을 도입하면서 유형자산(토지)에 대하여 재평가모형을 선택하여 평가하고 다음과 같이 회계처리함. (차) 토지 *** (대)재평가잉여금*** 법인세 신고 시 평가차익을 손금산입(△유보)으로 세무조정함.	법인세법은 자산재평가모형을 인정하지 않으므로 재평가로 인하여 토지와 재평가잉여금을 증가를 손익의 영향이 없으므로 양편조정을 함. 따라서 재평가잉여금을 익금산입(기타)하는 세무조정을 해야 함.
수정내용연수	기준내용연수가 10년인 기계장치를 다른 법인으로부터 중고(취득당시 6년이 경과함)로 취득하여 수정내용연수를 5년을 적용하여 감가상각비를 계상하였음. 중고 기계의 취득은 이 한 건이 전부이며, 회사는 법인세 신고시 내용연수와 관련된 별도의 신고서를 제출할 것은 없다고 생각하고 있음.	중고자산에 대한 수정내용연수를 적용하려면 중고자산의 취득일이 속하는 사업연도의 법인세 신고기한까지 내용연수변경신고서를 제출하여야 함(법령 29조의 2). 내용연수 변경신고를 하지 않은 경우에는 수정내용연수를 적용할 수 없는 점에 유의하여야 함.
손상차손	유형자산에 대하여 기업회계기준에 따라 계상한 손상차손을 감가상각비 시부인 시 고려하지 않음.	감가상각자산이 진부화, 물리적 손상 등에 따라 시장가치가 급격히 하락하여 손상차손을 계상한 경우 손상차손을 감가상각비로 보아 감가상각비 시부인계산을 해야 함(법령 31조 8항).
가동중단설비	산효율 및 원가절감 등의 사유로 베트남 현지법인에게 매각하기 위해 가동 중단하고 보유 중인 생산설비에 대하여 감가상각비를 계상함.	가동 중단하고 사업에 사용하지 아니하는 자산은 감가상각자산이 아니므로(법령 24조 3항 1호) 감가상각비를 손금불산입해야 함.
즉시상각의제	증축공사(건물), 부속설비공사, 배관공사 등 자본적지출을 수선비와 소모품비로 계상하였으나 이를 감가상각시부인 계산시 고려하지 않음 ※ 수선비와 소모품비의 증가비율이 과다한 경우 국세청은 계정별원장 등의 관련 증빙서류를 검토하여 자본적지출 여부를 파악함	감가상각자산을 취득하기 위하여 지출한 금액과 감가상각자산에 대한 자본적 지출을 손금으로 계상한 경우에는 이를 감가상각한 것으로 보아 상각범위액을 계산함(법법 23조 4항).

 

충당금과 준비금

 

퇴직연금 및 퇴직급여충당금

구 분	상 황	수정내용
DC형 퇴직연금 설정전의 근무기간에 대한 부담금	임직원에 대한 DC형 퇴직연금을 2019년에 설정하면서 설정전의 근무기간분에 대한 부담금을 지출하고 전액 비용으로 처리하였으며, 이에 대하여 세무조정을 하지 않음.	내국법인이 임직원에 대한 DC형 퇴직연금을 설정하면서 설정 전의 근무기간분에 대한 부담금을 지출한 경우 그 지출금액은 퇴직급여충당금의 누적액에서 차감된 퇴직급여충당금에서 먼저 지출한 것으로 보는 것이며(법칙 24조 1항), 차감된 퇴직급여충당금을 초과하여 지출한 부담금은 이를 손금에 산입함(법규법인2012-135, 2012.6.5.).
DC형 퇴직연금에 가입한 임원의 퇴직시 처리	DC형 퇴직연금에 가입한 임원이 2019년에 퇴직하였으나 아무런 세무조정을 하지 않음.	DC형 퇴직연금의 부담금은 전액 손금에 산입함. 그러나 임원이 퇴직할 때 법인이 퇴직 시까지 부담한 부담금의 합계액을 퇴직급여로 보아 임원퇴직급여한도초과액을 계산하여 손금산입한도 초과금액은 퇴직일이 속하는 사업연도의 부담금 중 손금산입 한도 초과금액 상당액을 손금에 산입하지 아니하고, 손금산입 한도 초과금액이 퇴직일이 속하는 사업연도의 부담금을 초과하는 경우 그 초과금액은 퇴직일이 속하는 사업연도의 익금에 산입함(법령 44조의 2 3항)
DC형 퇴직연금의 미납부	DC형퇴직급여제도에 가입하고 2019년 1월부터 9월분까지는 납입하였으나, 10월부터 12월분은 납입하지 않음. 결산시 미납부 금액도 비용과 미지급금으로 계상하였으나 이에 대한 세무조정을 하지 않음	DC형 퇴직연금제도를 설정한 내국법인이 퇴직 연금규약에 따라 매년 지급하여야 할 부담금 중 일부를 납입기일에 미납부한 경우, 해당 미납부액은 실제로 납부한 날이 속한 사업연도의 손금으로 산입하는 것임(법규과-1541, 2011.11.22.)
전기 미불입한 DC형 퇴직연금의 납입	2018년에 DC형 퇴직연금 미불입액(2018년 세무조정시 손금불산입하여 유보로 처분함)을 당기에 납입하고 “(차)미지급금 ×××(대)현금 ×××”으로 회계처리하고 아무런 세무조정을 하지 아니함.	전기 DC형 퇴직연금 미납부액을 당기에 불입한 경우에는 전기 유보를 손금추인해야 함.
DC형 퇴직연금의 선납	법인이 임원에 대하여 2019사업연도 DC형 퇴직연금을 불입하면서 사업실적이 좋은 2019사업연도의 손익을 조절하기 위하여 2020년∼2021년분을 한꺼번에 선불입하고 전액 비용으로 계상하였으나, 이에 대하여 세무조정을 하지 않음	법인이 DC형 퇴직연금 부담금은 「근로자퇴직급여보장법」 제13조에 따라 매년 1회 이상 정기적으로 납부하여야 하는 것으로, 퇴직연금 규약상 납입기일이 도래하기 전에 선 불입한 금액은 손금에 산입하지 아니하는 것임(법규과-1593, 2010.10.22., 법인세과-1020, 2010.10.29.).
DB형 퇴직연금에서 지급한 퇴직급여	2019년 중에 퇴직자에게 DB형 퇴직연금에서 퇴직급여를 지급하고 “(차)퇴직급여충당금 ××× (대) 퇴직연금운용자산 ×××”로 회계처리함. 세무조정시 퇴직연금 감소액만 익금산입으로 세무조정함.	기중 퇴직연금 등 수령액이 있는 경우 익금산입(유보)함과 동시에 동 금액을 퇴직급여충당금의 손금산입(△유보)하고, 손금한도 계산 시 동 금액을 퇴직금지급액에서 차감하여야 함.

 

대손충당금

구 분	상 황	수정내용
주택자금대여액	임직원에 대한 주택자금대여금을 대손충당금 설정대상 채권에 포함함.	임직원에 대한 주택자금대여액은 특수관계인에 대한 업무무관 가지급금이므로 대손충당금 설정대상이 아니므로(법법 34조 2항) 대손충당금설정대상채권에서 제외함.
부가세환급금과 예금ㆍ적금의 미수이자	부가세환급금과 예금ㆍ적금의 미수이자를 대손충당금 설정대상에 포함함	부가가치세 환급 미수금과 예금ㆍ적금의 미수이자는 대손충당금설정대상채권이 아니므로(법인세과-216, 2010.3.11., 법인22601-1723, 1989.5.11.) 대손충당금설정대상채권에서 제외함.
매출채권 등의 대손금부인액	기말 현재 매출채권 등에 대한 대손금부인액(유보)을 대손충당금 설정대상 채권에 포함하지 않음.	기말 현재 매출채권 등에 대한 대손금부인액을 대손충당금설정대상 채권에 포함함.
매출채권의 외화환산 관련 유보	화폐성외화자산ㆍ부채를 취득일 또는 발생일의 환율을 적용하는 법인이 기업회계기준에 따라 외화자산과 부채의 외화평가손익을 제거하는 세무조정을 하였으나 대손충당금 한도액 계산시 외화채권에 대한 외화환산손익 세무조정액을 고려하지 않음.	외화매출채권과 관련된 외화환산손실 손금불산입액에 대한 유보는 채권잔액에 더하고 외화환산이익 익금불산입액에 대한 △유보는 빼야 함.

 

제품보증충당부채

구 분	상 황	수정내용
제품보증충당부채	K-IFRS에 따라 제품매출액에 대하여 과거의 경험률을 근거로 미래의 제품보증비용에 충당하기 위해서 제품매출액의 일정액을 추정하여 충당부채로 설정하였으나 이에 대한 세무조정을 하지 않음.	제품보증충당부채는 미확정부채로서 손금으로 인정하지 아니하므로(법법 4관) 제품보증충당부채를 손금불산입으로 세무조정함.

 

 

재평가 토지에 대한 압축기장충당금

구 분	상 황	수정내용
자산재평가법에 따라 재평가한 토지의 양도시 △유보의 추인	1973년 취득한 공장용지를 1985년에 재평가하여 재평가차액에 대한 압축기장충당금을 손금에 산입하였음. 2019년에 그 토지를 양도하였으나 압축기장충당금에 대한 세무조정을 하지 않음.	재평가차액을 손금산입하여 설정한 압축기장충당금은 해당 자산을 처분한 사업연도에 익금산입하여야 함

※ 「자산재평가법」에 의하여 재평가한 토지 등을 매도하는 내국법인이 「법인세법」 제55조의 2 제6항 규정의 토지 등 양도소득을 계산함에 있어서 같은 규정의 “양도 당시의 장부가액”은 당해 자산에 대한 자산재평가 후의 장부가액으로 하는 것임(법인세과-593, 2017.6.22.)

 

고유목적사업준비금

구 분	상 황	수정내용
비영업대금의 이익에 대한 고유목적사업준비금한도	비영리법인이 비영업대금의 이자소득에 대해서도 전액(100%) 고유목적사업준비금을 설정하여 손금에 산입함	이자소득에 대해서는 고유목적사업준비금을 100% 설정할 수 있으나, 비영업대금의 이익은 50% 설정대상임(법법 29조 1항 1호)
중소기업특별세액감면과 고유목적사업준비금의 중복적용	비영리내국법인이 조특법에 따른 중소기업특별세액감면을 적용받으면서 고유목적사업준비금을 손금에 산입함	비영리 내국법인의 수익사업에서 발생한 소득에 대하여 법인세법 또는 조특법에 따른 비과세ㆍ면제, 준비금의 손금산입, 소득공제 또는 세액감면(세액공제 제외)을 적용받는 경우에는 고유목적사업준비금을 손금에 산입할 수 없음(법법 29조 8항, 법령 56조 8항). 중소기업특별세액감면과 고유목적사업준비금 중 유리한 것을 선택하여 적용

 

부당행위계산의 부인 및 자본거래로 분여받은 이익

구 분	상 황	수정내용
당좌대출이자율을 선택하여 신고한 경우 적용기간	법인이 2018사업연도에 대한 법인세 신고 시 업무무관 가지급금에 대한 인정이자를 당좌대출이자율을 선택하여 계산하였음. 2019년에는 가중평균차입이자율이 당좌대출이자율보다 낮아서 가중평균차입이자율을 적용함.	법인이 법인세 신고와 함께 당좌대출이자율을 시가로 선택하는 경우에는 선택한 사업연도와 이후 2개 사업연도는 당좌대출이자율을 시가로 함(법령 89조 3항 1호) 2018년에 당좌대출이자율로 시가를 신고하였으므로 2019년과 2020년에도 당좌대출이자율을 적용해야 함.
보증료	법인이 해외 자회사를 위해 지급보증을 제공하고 지급보증료를 수취하지 않고 세무조정도 하지 않음.	해외현지법인의 금융 차입과 관련하여 보증을 하고 정상대가를 수취하지 않은 경우 국조법 제4조의 정상대가 상당액을 계산하여 익금에 산입하여야 함(국조법 4조).
고가 매입	대기업의 1차 하청업체로서 이익과대에 따른 단가삭감을 우려하여 사주가100% 출자한 법인을 설립한 후 그 법인에 시가보다 현저히 높은 가액으로 용역료를 지급하고 비용으로 처리함.	법인은 용역의 고가매입에 대해 부당행위계산부인을 적용하고 시가와 매입액의 차액을 익금산입함. ※ 「상속세 및 증여세법」제45조의 5[특정법인과의 거래를 통한 이익의 증여의제]에 따라 주주에게 증여세가 과세됨.
저가 유상증자시신주인수권의 포기	법인이 보유하고 있던 비상장주식과 관련하여 액면가액으로 저가 유상증자하는 과정에 신주인수권을 포기하고 특수관계 법인이 저가로 인수하게 함.	불균등증자로 이익을 분여한 경우 부당행위계산 부인대상에 해당하므로(법령 88조 1항 8호) 분여이익을 익금산입하여 기타사외유출 처분함. ※ 이익을 분여받은 특수관계 법인은 익금산입하여 유보로 처분해야 함.
고가유상증자시 신주인수의 포기	고가발행 유상증자시 유상증자에 참여하지 않음으로써 특수관계인 법인주주로부터 이익을 분여받았으나 세무조정을 하지 않음.	특수관계인으로부터 자본거래로 분여받은 이익은 익금이므로(법령 11조 9호), 특수관계인으로부터 분여받은 이익을 익금산입함.

 

이월결손금 공제

구 분	상 황	수정내용
경영정상화계약의 이행	중소기업이 아닌 법인이 해당 법인의 채권을 보유하고 있는 금융회사 등과 경영정상화계획의 이행을 위한 협약을 체결하였으며 2019년 9월말로 경영정상화계획을 이행이 완료되었음. 이월결손금을 공제할 때 각 사업연도 소득금액을 한도로 공제함.	경영정상화계획의 이행을 위한 약정을 체결하고 경영정상화계획을 이행 중인 중소기업이 아닌 법인이 사업연도 중에 경영정상화계획 이행을 완료한 경우, 완료한 사업연도의 과세표준 계산 시 이월결손금은 각 사업연도 소득의 60%의 범위 내에서 공제함(서면-2016-법령해석법인-5836 [법령해석과-1616], 2017.6.13.).
적격합병으로 승계받은 이월결손금의 공제방법	중소기업이 적격합병으로 피합병법인으로부터 승계받은 이월결손금을 합병법인의 기존사업에서 발생한 소득에서 공제함.	적격합병으로 승계한 피합병법인의 결손금은 피합병법인으로부터 승계받은 사업에서 발생한 소득금액의 범위에서 공제하므로(법법 45조 2항) 합병법인의 기존사업에서 발생한 소득에서 공제하면 안 됨.
적격합병으로 승계받은 이월결손금의 공제한도	A법인은 2019년 7월 완전자회사인 내국법인을 적격합병하고 합병등기일 현재 피합병법인의 이월결손금을 승계하여 피합병법인으로부터 승계받은 사업에서 발생한 각 사업연도 소득금액의 범위에서 공제함. A법인 및 피합병법인은 중소기업 및 회생계획인가를 이행 중인 법인 등에 해당하지 않음.	합병법인이 적격합병 시 과세특례를 적용받는 경우로서 피합병법인이 중소기업 및 회생계획인가를 이행 중인 기업 등에 해당하지 않는 경우, 합병법인이 승계한 피합병법인의 이월결손금은 피합병법인 각 사업연도 소득의 60%를 한도로 공제함(서면-2018-법령해석법인-2313, 2019.2.28.).
채무면제이익으로 보전된 이월결손금	2018 사업연도에 이월결손금을 채무면제이익으로 보전하여 익금불산입으로 세무조정함. 2018년에 보전된 이월결손금을 2019년에 과세표준 계산상 공제함.	채무면제이익으로 보전한 이월결손금은 소멸되어 그 후 공제받을 수 없으므로(법집 13-10-1) 이월결손금 공제를 배제해야 함.

 

세액공제

연구ㆍ인력개발비 세액공제

구 분	상 황	수정내용
미인가 전담부서	전담부서로 인정받지 못한 부서의 인건비 등에 대하여 연구ㆍ인력개발비세액공제를 받으려고 함.	기업부설연구소 또는 연구개발전담부서가 없는 경우 연구ㆍ인력개발비세액공제를 받을 수 없음.
전담부서 인정 전에 발생한 인건비 등	전담부서 최초 인정일 이전에 발생한 전담부서 인건비 등에 대하여 연구ㆍ인력개발비세액공제대상에 포함함.	기업부설 연구소로 인정받기 전이거나 교육과학기술부장관에게 연구개발 전담부서로 적법하게 신고하기 전에 연구개발전담부서 등에서 발생한 비용은 연구ㆍ인력개발비 세액공제를 적용받을 수 없음(법인세과-199, 2010.3.8.).
전산시스템의 위탁개발비	건설업을 하는 법인이 ‘일투입비 기반 손익관리 전산화 구축을 위한 연구 및 전산시스템 개발’을 위하여 컨설팅 업체와 계약하고 관련비용을 컴퓨터소프트웨어 위탁개발비로 연구ㆍ인력개발비 세액공제를 받으려고 함.	기업의 전사적 기업자원 관리설비, 판매시점 정보관리 시스템 설비 등 기업의 사업운영ㆍ관리ㆍ지원 활동과 관련된 시스템 개발을 위한 위탁비용은 연구ㆍ인력개발비 세액공제 대상이 아니므로(조특령 별표 6 1호 나목) 세액공제대상에서 제외함.
행정담당 직원의 인건비	기업부설연구소에서 행정사무만을 담당하는 직원의 인건비를 연구ㆍ인력개발비 세액공제대상 인건비에 포함함.	연구개발과제를 직접 수행하거나 보조하는 사람의 인건비가 세액공제대상이므로(조특령 별표6 1호) 행정업무만 담당하는 사람의 인건비는 세액공제대상에서 제외해야 함.
10% 초과 지분소유자의 인건비	업부설연구소의 연구원 중 총발행주식의 10%를 초과하여 소유하고 있는 주주에게 지급한 인건비를 연구ㆍ인력개발비 세액공제대상에 포함함.	지배주주 등 총발행주식의 10%를 초과하여 소유하고 있는 주주에게 지급한 인건비는 연구ㆍ인력개발비세액공제대상이 아님(조특칙 7조 3항).
국민연금사용자부담금의 인건비 포함 여부	연구원에 대한 인건비에 국민연금사용자부담금을 포함하지 않고 연구ㆍ인력개발비 세액공제액을 계산함.	연구ㆍ인력개발비 세액공제의 대상이 되는 인건비란 명칭여하에 불구하고 근로의 제공으로 인하여 지급하는 비용을 뜻하고, 「국민연금법」에 따라 사용자가 의무적으로 부담하여야 하는 국민연금보험료 사용자부담금은 이러한 인건비의 범위에 포함됨(조심 2016광 1337, 2016. 12. 16.; 조심-2018-중-0635, 2018. 6. 8.).
연구원의 퇴직소득, 퇴직급여충당금 설정액, DC형퇴직연금부담금	연구원에 대한 퇴직소득과 퇴직급여충당금설정액, 확정기여형 퇴직연금 부담금을 인건비에 포함하여 연구ㆍ인력개발비 세액공제액을 계산함.	퇴직소득과 퇴직급여충당금 설정액은 연구ㆍ인력개발비 세액공제대상이 아님. 확정기여형 퇴직연금 부담금에 대하여 조세심판원은 2012년 이후분은 세액공제대상이 아닌 것으로 보나, 서울행정법원은 세액공제대상인 것으로 보았음(서울행정법원2018구합75467, 2019.9.10.). 아직 고등법원에서 소송이 진행 중이므로 소송 상황을 보면서 경정청구 여부를 결정해야 할 것으로 보임.
시제품 매출액을 연구개발비에서 차감할지 여부	고객사가 자신들이 개발 중인 제품에 호환될 수 있는 부품의 사양에 대한 정보를 제공하면 법인의 연구인력은 자체적으로 선행개발기술을 적용하여 연구개발을 수행하여 시제품을 제작하여 고객사에 납품하고 고객사는 기술테스트를 거친 이후 고객사와 연구소 간 피드백, 수정, 보완하는 과정이 반복함. 연구개발 완료 후 법인이 고객사로부터 수령한 개발품 대가를 연구개발비에서 차감하여 연구ㆍ인력개발비에 대한 세액공제액을 계산함.	납품업체가 자체연구개발에 따른 특허권 등을 소유사용하면서 납품조건을 충족시키는 개발품(시제품)만을 공급하고 받은 대가는 연구인력개발비에 해당하는 비용에서 차감하지 아니하는 것임(기획재정부 조세특례제도과-177, 2017.2.9.).
국가 등으로부터 받은 연구개발 출연금	국가 등으로부터 연구개발 국고보조금을 받아 연구개발을 수행하고 연구개발 국고보조금과 자비로 투입한 연구비를 합해서 연구ㆍ인력개발비에 대한 세액공제를 계산함.	연구개발 국고보조금을 받아 연구개발비로 사용한 금액은 연구ㆍ인력개발비에 대한 세액공제대상이 아님(조특령 9조 1항).

 

투자세액공제

구 분	상 황	수정내용
중고기계의 투자세액공제 적용 여부	수입한 중고 기계장치에 대하여 중소기업 등 투자세액공제(조특법 5조)를 적용함.	중소기업 등 투자세액공제(조특법 5조)에서는 중고품에 의한 투자는 세액공제대상에서 제외하고 있으므로 세액공제를 배제하여야 함. ※ 국세청은 수입신고필증이나 송장에 ‘Used’ 기재된 것으로 중고자산임을 파악함.

※ 중고품에 의한 투자에 대한 투자세액공제 배제
ⓛ 상생협력을 위한 출연 등에 대한 세액공제(조특법 8조의 3) 제3항
② 특정시설 등 투자 등에 대한 세액공제(조특법 25조) (단, 근로자복지 증진을 위한 시설(조특법 25조 1항 4호)는 중고품도 공제가능)
③ 의약품 품질관리 개선시설투자에 대한 세액공제(조특법 25조의 4)
④ 신성장기술 사업화를 위한 시설투자에 대한 세액공제(조특법 25조의 5)
⑤ 초연결 네트워크 구축을 위한 시설투자에 대한 세액공제(조특법 25조의 7)
⑥ 대학 맞춤형 교육비용 등에 대한 세액공제(조특법 104조의 18) 제2항

 

세액감면

구 분	상 황	수정내용
수도권 내 소재 중기업에 대한 중소기업에 대한 특별세액감면 적용	중기업이고 지식기반산업이 아닌 법인으로서 수도권 내에 소재한 기업이 중소기업에 대한 특별세액감면을 적용받음.	수도권 내의 기업은 소기업이거나 지식기반사업을 하는 중기업이 아니면 중소기업에 대한 특별세액감면의 적용대상이 아니므로(조특법 7조 1항 2호) 중소기업에 대한 특별세액감면을 배제함.
부동산업을 영위하는 중소기업에 대한 중소기업특별세액감면 적용	다른 건설업체에 의뢰하여 아파트 신축 후 분양ㆍ판매하는 법인이 건설업을 영위하는 것으로 보아 중소기업에 대한 특별세액감면을 받음.	직접 건설 활동을 수행하지 않고 건설업체에 의뢰하여 주거용 건물을 건설하고 이를 분양ㆍ판매하는 경우 부동산공급업이므로 중소기업에 대한 특별세액감면 배제.
사업양수를 통해 설립된 법인에 대한 창업중소기업 등에 대한 세액감면 적용 여부	김 모 씨는 주택신축판매업을 하다가 폐업하고 2019.1.12. 본인 50%, 동생 50%의 지분으로 주택신축판매 및 근린생활시설 신축판매업을 목적으로 하는 법인을 설립하고 신설법인에 대하여 창업중소기업 등에 대한 세액감면(조특법 6조)을 적용함.	주거용 건물을 신축하여 분양ㆍ판매하는 사업자가 그 사업을 폐업하고 주거용 건물 및 비주거용 건물을 건설하여 분양ㆍ판매하는 법인을 설립하는 경우에는 「조세특례제한법」 제6조의 창업에 해당하지 아니하므로 창업중소기업에 대한 세액감면을 적용받을 수 없음(사전-2018-법령해석소득-0717, 2018.12.10.).

 

조세특례제한 등

구 분	상 황	수정내용
국고보조금을 받아 투자한 경우 투자세액공제 적용여부	지방자치단체로부터 받은 국고보조금으로 투자하고 투자금액 전액에 대하여 투자세액공제액을 계산함.	국가 등으로부터 받은 출연금 등 자산이 있는 경우 투자세액공제 대상 투자금액에서 차감하여야 함(조특법 127조 1항). 지방자치단체로부터 수령한 국고보조금을 연구인력개발설비 투자세액공제대상 투자금액에서 차감하여 투자세액공제액을 재계산함
투자세액공제와 감면의 중복적용 배제	외국인투자기업이 생산성향상시설투자세액공제와 외국인투자에 대한 법인세 감면을 중복 적용함	외국인투자에 대한 법인세 감면을 적용하는 경우에 생산성 향상시설투자에 대한 세액공제 중복적용 시 해당 투자세액에 당해 기업의 총주식에 대한 내국인 투자자의 소유주식 비율을 곱하여 계산한 금액만큼 공제가 하므로(조특법 127조 3항) 과다 적용한 세액공제를 배제함.
감면세액의 추징	2018사업연도에 투자한 에너지절약시설에 대하여 투자세액공제를 받고 2019년에 해당 에너지절약시설을 처분함.	투자세액공제를 공제받은 자가 투자완료일부터 2년(신성장기술 사업화를 위한 시설투자에 대한 세액공제의 경우에는 3년, 일정한 건물과 구축물의 경우에는 5년)이 지나기 전에 해당 자산을 처분한 경우(임대하는 경우를 포함하며, 내용연수가 경과된 자산을 처분하는 경우 등 일정한 경우는 제외한다)에는 처분한 날이 속하는 과세연도의 과세표준신고를 할 때 해당 자산에 대한 세액공제액 상당액에 이자상당액을 가산하여 납부하여야 함(조특법 146조).
기한후신고시 중소기업특별세액감면 적용	법인세 신고기한이 경과한 후 기한후 신고를 하면서 중소기업특별세액감면을 적용함.	법인세 기한후 신고ㆍ납부분에 대해 중소기업에 대한 특별세액감면을 적용하지 않으므로(조특법 128조 2항) 감면을 배제함
감면배제순서	최저한세가 적용되는 투자세액공제 등과 최저한세가 적용되지 않는 외국납부세액공제 등이 동일사업연도에 함께 적용되므로 최저한세가 적용되지 않는 외국납부세액공제보다 투자세액공제 등을 우선 적용함.	최저한세가 적용되는 투자세액공제 등과 최저한세가 적용되지 않는 R&D세액공제, 외국납부세액공제 등이 동일사업연도에 함께 적용되는 경우 최저한세가 적용되는 투자세액공제 등을 먼저 적용하므로(조특법 132조 3항) 최저한세가 적용되는 투자세액공제 등을 먼저 적용함. 이 경우 농어촌특별세가 달라질 수 있음.

 

미환류소득에 대한 법인세

구 분	상 황	수정내용
법인세추징세액의 처리	A법인은 2019년 세무조사를 통해 2015~2018 사업연도의 법인세, 농특세, 법인지방소득세에 대한 추징세액 및 가산세액이 발생되어 2019년 10월 5일 전액 납부하였으나 미환류소득 계산시 고려하지 않음.	세무조사를 통해 해당 사업연도 이전 사업연도의 법인세가 과세되어 추징세액을 해당 사업연도에 납부하는 경우 기업소득을 계산함에 있어 ‘해당 사업연도의 법인세액’에는 해당 사업연도에 납부한 법인세 추징세액이 포함됨(사전-2018-법령해석법인-0002, 2018.5.24.).
법인세 환급액의 처리	법인은 2015~2016 사업연도 귀속 투자세액공제 누락분에 대하여 2019 사업연도에 법인세 경정청구를 신청하여 50억원을 환급받았으나 미환류소득에 대한 법인세 계산시 법인세에서 차감하지 않음.	내국법인이 해당 사업연도 이전 사업연도의 투자세액공제 누락분에 대하여 해당 사업연도에 경정청구를 하여 법인세를 환급받는 경우, 해당 법인세 환급액은 해당 사업연도의 법인세액에서 전액 차감되는 것임(서면-2019-법령해석법인-1198 [법령해석과-3034], 2019.11.20.).
초과환류액의 이월공제기간	2017년에 발생한 초과환류액을 2019년의 미환류소득에서 차감함.	초과환류액은 다음 사업연도에 한하여 이월공제되므로 2017년의 초과환류액은 2019년에는 공제할 수 없음.

 

그 밖의 법인세 관련내용

구 분	상 황	수정내용
매입한 주택의 양도시 토지 등 양도소득에 대한 법인세	건설회사가 기존주택을 매입하여 양도하고 이에 따른 양도차익을 수익으로 계상하였으나, 토지 등 양도소득에 대한 법인세를 계산하지 않음.	타인으로부터 매입하여 양도하는 주택의 양도소득은 토지 등 양도소득에 대한 법인세 과세대상임(법령 92조의 2 4항 4호). 토지 등 양도소득에 대한 법인세를 신고서에 반영.
특정 외국법인의 유보소득의 배당간주	도매업을 영위하고 최근 3년간 부담세액이 15% 이하이며 특수관계자로부터 매입원가의 50%를 초과 매입하는 해외현지법인이 유보소득에 대한 배당을 실시하지 않았으나 이에 대한 세무조정을 하지 않음	국조법 제17조의 “특정외국법인의 유보소득 배당간주규정”을 적용하여 해외현지법인의 유보소득을 익금에 산입함.